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La basilique de Saint-Nicolas est le bâtiment le plus important de l'architecture romane des Pouilles. Construit à partir de 1087, date à laquelle les reliques du saint ont été volées par des marins de Bari au sanctuaire de Mira, il a constitué un modèle obligatoire pour la construction de nombreux bâtiments dans la région.
Le retrait des reliques est intervenu à un moment où la ville de Bari tentait de retrouver sa suprématie dans la région après la période troublée de la montée en puissance des Normands. Les reliques ne furent pas remises à l'évêque de la ville mais au moine bénédictin Elias, qui réussit à obtenir de Roger Borsa, fils de Guiscard, l'autorisation de construire un nouveau sanctuaire qui serait un point de référence pour les habitants de Bari contre le pouvoir de l'évêque. La construction fut très rapide si déjà en 1089 le Pape Urbain II consacra l'autel de la crypte pour coïncider avec la translation des reliques. Les événements endeuillés de Bari ont ralenti la construction de l'église au moins jusqu'aux années qui ont suivi 1156, lorsque la ville a été détruite par Guillaume Ier le Mauvais. Une nouvelle campagne de construction a conduit à la consécration finale en 1197. La façade est la dernière partie de l'église à être terminée et, par conséquent, celle qui s'écarte le plus du projet original.
Enfermée entre deux tours, la façade est tripartite avec des pilastres. Il comprenait à l'origine un portique qui n'a jamais été réalisé et devait couvrir un seul portail avec un profil centré. Le porche a été ajouté lors de la deuxième phase de construction, de même que les deux portails latéraux, afin de donner plus d'importance à la partie inférieure de la façade.
La frise extérieure de l'arc est recouverte d'une branche habitée, symbolisant le thème de l'Eucharistie. Dans les angles, deux bas reliefs byzantins représentent deux anges adressant une offrande à saint Nicolas, représenté au centre de la lunette. Le côté de l'église est ponctué de puissants arcs qui prolongent en plan la largeur de la nef pour la rendre égale à celle du transept. Au-dessus d'eux, cinq loggias aérées hexaflores sur des chapiteaux à béquilles. Les arches ont été fermées au XIVe siècle pour faire des chapelles nobles à l'intérieur de l'église, avant d'être restaurées au cours des restaurations du XXe siècle. Sous l'une des arches se trouve la Porta dei Leoni (Porte des Lions), l'ensemble sculptural et architectural le plus important de l'église.
Un portail entièrement entouré d'une corniche couverte d'une vigne habitée est surmonté d'une archivolte couverte de figures de chevaliers armés. Autour d'elle, une corniche en saillie retombe sur deux colonnes soutenues par des lions. Sur les jambages et l'architrave, des figures humaines et animales se déplacent vers un cantare au centre. L'intérieur de la basilique a été profondément modifié par la construction des trois arcs transversaux à la suite du tremblement de terre de 1456. L'arc le plus oriental repose sur les piliers composites qui interrompent les rangées de colonnes longitudinales. Les deux autres nécessitaient de doubler les colonnes des deux premiers ordres de la nef en réutilisant des spécimens anciens encore disponibles sur le site. Les nefs sont couvertes de voûtes d'arêtes dont les arcs transversaux retombent sur des demi-colonnes adossées aux murs latéraux. Un triple arc avec des chapiteaux intéressants sépare la nef du transept. Les absides latérales sont beaucoup plus petites que l'abside centrale. Les façades des transepts sont ouvertes par deux rangées de fenêtres à double lancette ; au-dessous d'elles se trouve le chemin suspendu qui relie les galeries des femmes aux tours de l'abside. Sous le transept s'étend la crypte, à laquelle on accède par deux escaliers latéraux. Divisée en trente-six travées voûtées en croix, elle présente un ensemble très intéressant de chapiteaux : la plupart ont été réalisés pour la crypte entre 1087 et 1089.
