Véritable centre primitif du franciscanisme, la Porziuncola devint l'un des plus importants lieux de pèlerinage, à tel point que le pape Pie V, à l'issue du concile de Trente, décida de faire construire cette grandiose basilique dans le but de donner une nouvelle vie à l'ordre des frères mineurs et un accueil adéquat aux nombreux fidèles qui visitaient déjà la Porziuncola. L'église à trois nefs, avec transept non saillant, plan à coupole croisée et abside semi-circulaire, a été conçue par Galeazzo Alessi ; elle a été achevée en 1679 avec la construction du clocher de droite, qui aurait dû correspondre à celui de gauche, qui se termine juste au-dessus du toit de l'église . Les tremblements de terre de 1832 ont provoqué l'effondrement de la nef centrale jusqu'à la voûte d'arête, de certaines parties des voûtes latérales et de la partie supérieure de la façade, tandis que la coupole et l'abside ont été sauvées. Le centre de la basilique, c'est-à-dire la chapelle de la Portioncule, apparaît comme une petite église, directement sous la coupole. Au début du XIIIe siècle, l'église avait été abandonnée parmi les chênes appartenant aux moines bénédictins de Subasio. Vers 1205, François y établit sa résidence, restaura l'église et fonda l'ordre des Franciscains. Les premières cabanes des moines, faites d'argile et de roseaux, furent construites autour de la Porziuncola. C'est le lieu où saint François a vécu le plus souvent, où il a donné à sainte Claire son habit religieux (1212) et où il a tenu le chapitre des Nattes (1221), auquel ont participé plus de 5000 frères. La tradition veut qu'ici, saint François ait obtenu de la Vierge Marie une indulgence plénière. La Porziuncola est une construction rectangulaire très simple, réalisée en pierre polychrome de Subasio. La partie supérieure de la façade est recouverte d'une fresque (Le Pardon d'Assise), réalisée par Friedrich Overbeck de Lübeck (1829). Sur le côté droit se trouvent les restes de deux fresques du XVe siècle d'influence siennoise : La Vierge à l'Enfant entre Saint François et Saint Bernardin. Au fond, une fresque du Pérugin, le Calvaire (dont la partie supérieure a été perdue). L'intérieur (les heurtoirs sont du XVe siècle) présente une voûte à nervures croisées, un peu noircie par la fumée des lampes ; à l'autel, l'Annonciation et les histoires du pardon, un grand panneau d'Ilario da Viterbo (1393), qui a également réalisé la bande peinte à fresque sur la voûte avec les évangélistes ; sur le mur de gauche, une fresque de l'Imago Pietatis.