Inițial, această biserică construită în secolul al XIII-lea și dedicată Sfântului Nicolae, patronul marinarilor, a fost o construcție din lemn. La sfârșitul secolului al XIII-lea s-a luat decizia de a construi o biserică de piatră. Oude Kerk a avut la început forma unei biserici cu hală romană, fiind prima biserică de acest fel din Țările de Jos. În 1306, biserica a fost sfințită de episcopul catolic de Utrecht Guy van Avesnes van Henegouwen, al cărui mormânt sculptat îl puteți vedea și astăzi la Domul din Utrecht.În 1340, Oude Kerk a fost extinsă, devenind o structură remarcabil de mare pentru un oraș care avea la acea vreme între trei și patru mii de locuitori. În mod miraculos, marile incendii din Amsterdam din 1421 și 1452, care au distrus orașul, pe atunci construit în mare parte din lemn, nu au afectat Oude Kerk.În secolele al XIV-lea și al XV-lea, biserica a fost biserica parohială din Amsterdam și, deoarece orașul a crescut rapid, Oude Kerk a fost reconstruită și extinsă de mai multe ori. În 1565, Oude Kerk a primit clopotnița, iar de atunci arhitectura sa nu s-a schimbat prea mult.
