Utočište je posvećen figura Santa Margarite, patroness od Cortona i Fra tercijarni, a potom kulturna i duhovnog aktivnost posmatra Franjevaca. Na smrt Svetac (februara 22, 1297) to je odlučila da napravi crkvu u njenu čast, pored drevni Crkvu San Basilio da Margherita sama imala vraćeno nakon odabira kao mjesto na pokornost i molitva. 1304. sveta zgrada je već sagrađena, ali je i dalje ukrašena važnim freskama u cijelom četrnaestom stoljeću. Samo nekoliko komadića ovo mural ciklus nam došli u Biskupijski Muzeju, ali dokaz to je sačuvan u šifra od sedamdesetih godina da dokumente sa dvadeset jedan watercolored scene zid slika izgubio 1653 kada zbog svoje loše stanje Očuvanje, bili su oprani. Analiza preživjeli fragmenti vodi sastanak ih oko 1335 i da uzvišeni ih radionica jedan, ili obojica Lorenzetti braća. 1385.crkva je povjerena Olivetskim monasima, koji su 1389. zamijenili maloljetnici koji se još uvijek brinu za nju i dočekuju posjetioce. U avgustu 1927.podignuta je na dostojanstvo manjih bazilike.
