Porziuncola, skutočné prvotné centrum Františkanizmu, sa stalo jedným z najdôležitejších pútnických miest, a to natoľko, že pápež zbožný V. sa na konci Tridentského koncilu rozhodol postaviť túto veľkolepú Baziliku s cieľom dať nový život Rádu menších bratov a adekvátne prijať mnohých veriacich, ktorí už porziuncolu navštívili. Kostol má tri uličky, s nevyčnievajúcim transeptom, krížovým kupolovým pôdorysom a polkruhovou apsidou, ktoré navrhol Galeazzo Alessi; bola dokončená v roku 1679 výstavbou zvonice vpravo, ktorá sa mala zhodovať s tou vľavo, ktorá končí tesne nad strechou kostola .
Zemetrasenia z roku 1832 spôsobili zrútenie centrálnej lode až po krížovú klenbu, časti bočných a hornú časť fasády, zatiaľ čo kupola a apsida boli zachránené. Zameranie baziliky, teda kaplnky Porziuncola, sa javí ako malý kostol priamo pod kupolou. Na začiatku 13.storočia bol kostol opustený medzi dubmi patriacimi benediktínskym mníchom z Subasio. Okolo roku 1205 tam František založil svoj domov, obnovil kostol a založil Františkánsky rád. Prvé chaty pre mníchov z hliny a trstiny boli postavené okolo Porziuncoly. Toto bolo miesto, kde svätý František žil Najčastejšie, kde dal Svätej Kláre jej náboženský zvyk (1212) a kde držal kapitolu Mats (1221), ktorej sa zúčastnilo viac ako 5 000 bratov. Tradícia hovorí, že tu svätý František získal úplné odpustky od Panny Márie. Porziuncola je veľmi jednoduchá obdĺžniková konštrukcia vyrobená z polychrómovaného kameňa od spoločnosti Subasio. Horná časť fasády je pokrytá freskou (milosť Assisi), od Friedrich Overbeck z Lübecku (1829). Na pravej strane sú pozostatky dvoch fresiek z pätnásteho storočia so Sienským vplyvom: Madona s dieťaťom medzi svätým Františkom a svätým Bernardínom. V zadnej časti je freska od Perugino, Kalvária (ktorej horná časť bola stratená). Interiér (klopadlá dverí sú z pätnásteho storočia) má krížovú rebrovanú klenbu, trochu sčernenú dymom z lámp; pri oltári Zvestovanie a príbehy odpustenia, veľký panel Ilaria da Viterbo (1393), ktorý tiež vytvoril freskový pás na klenbe s evanjelistami; na ľavej stene je freska Imago Pietatis.
