Bazylika św. Mikołaja jest najważniejszą budowlą apulijskiej architektury romańskiej. Zbudowana począwszy od 1087 roku, czyli od daty wykradzenia relikwii świętego przez żeglarzy z Bari do sanktuarium w Mirze, stanowiła obowiązujący wzór do budowy wielu budynków w regionie.Wywiezienie relikwii nastąpiło w czasie, gdy miasto Bari próbowało odzyskać supremację w regionie po burzliwym okresie dojścia do władzy Normanów. Relikwie nie zostały przekazane biskupowi miasta, ale benedyktyńskiemu mnichowi Eliasowi, któremu udało się uzyskać zgodę Rogera Borsa, syna Guiscarda, na budowę nowego sanktuarium, które byłoby punktem odniesienia dla mieszkańców Bari wobec władzy biskupa. Budowa przebiegała bardzo szybko, skoro już w 1089 roku papież Urban II konsekrował ołtarz krypty, co miało się zbiec z translacją relikwii. Żałobne wydarzenia w Bari spowolniły budowę kościoła co najmniej do lat po 1156 roku, kiedy to miasto zostało zniszczone przez Wilhelma I Złego. Nowa kampania budowlana doprowadziła do ostatecznej konsekracji w 1197 roku. Fasada jest ostatnią częścią kościoła, która została zakończona i dlatego najbardziej różni się od pierwotnego projektu.Fasada, zamknięta między dwoma wieżami, jest trójdzielna z pilastrami. Pierwotnie zawierała portyk, który nigdy nie został zrealizowany, a który miał przykrywać pojedynczy portal o profilu centrycznym. Portyk został dodany w drugiej fazie budowy, podobnie jak dwa portale boczne, aby nadać większą rangę dolnej części fasady.Zewnętrzny fryz łuku pokryty jest zamieszkałą gałązką, symbolizującą motyw eucharystyczny. W narożnikach dwa niskie reliefy bizantyjskie przedstawiają dwa anioły kierujące ofiarę do św. Mikołaja, przedstawionego w centrum lunety.W bocznej części kościoła przebijają się potężne łuki, które w planie poszerzają szerokość nawy, zrównując ją z szerokością transeptu. Nad nimi znajduje się pięć zwiewnych loggii hexaforo na kapitelach kulowych. Łuki zostały zamknięte w XIV wieku, aby stworzyć wewnątrz kościoła szlachetne kaplice, przywrócone dopiero podczas XX-wiecznych renowacji. Pod jednym z łuków znajduje się Porta dei Leoni (Brama Lwów), najważniejszy zespół rzeźbiarski i architektoniczny kościoła.Na portal całkowicie otoczony gzymsem pokrytym zamieszkałą winoroślą nakłada się archiwolta pokryta figurami uzbrojonych rycerzy. Wokół niego wystający gzyms opada na dwie kolumny wsparte na lwach.Na ościeżach i architrawie postacie ludzkie i zwierzęce przesuwają się w kierunku umieszczonego w centrum kantorka. Wnętrze bazyliki zostało gruntownie zmienione przez budowę trzech łuków poprzecznych po trzęsieniu ziemi w 1456 roku. Najbardziej wysunięty na wschód łuk opiera się na filarach kompozytowych, które przerywają rzędy kolumn podłużnych. Pozostałe dwa wymagały podwojenia kolumn pierwszych dwóch rzędów nawy poprzez ponowne wykorzystanie starożytnych okazów, które nadal są dostępne na miejscu.Nawy nakryte są sklepieniami krzyżowymi, których łuki poprzeczne opadają na półkolumny oparte o ściany boczne.Potrójny łuk z ciekawymi kapitelami oddziela nawę od transeptu.Absydy boczne mają znacznie mniejsze rozmiary niż centralna. Fasady transeptu otwierają dwa rzędy podwójnych okien lancetowych, pod którymi znajduje się zawieszona ścieżka łącząca galerie kobiece z wieżami absydy. Pod transeptem rozciąga się krypta, do której prowadzą dwie boczne klatki schodowe. Podzielona na trzydzieści sześć poprzecznie sklepionych przęseł, posiada bardzo ciekawy zestaw kapiteli: większość z nich została wykonana dla krypty w latach 1087-1089.