Ben Ezra Sinagogu, dünyanın en eski Sinagogu ve aynı zamanda en uzun hizmet olarak kabul edilir. Sinagog, en az 9. yüzyıldan beri bu yerde durdu ve 1950'lerde İsrail'e kitlesel göç edene kadar Mısır Yahudi Cemaati için bir ibadet yeri olarak hizmet etti.
Fatımi Halife El-Hakim bi-Amr Allah'ın tüm Yahudi ve Hıristiyan ibadet yerlerinin tahrip edilmesini emretmesinden sonra orijinal bina 1012 civarında yıkıldı. Sinagog 1025-1040 yılları arasında yeniden inşa edildi ve daha sonra 1890'larda bir kez daha tamamen yeniden inşa edildi.