Bilbao augimas ir jo jūrinė istorija neatsiejami, nes XX a. miestas tapo vienu svarbiausių Europos uostamiesčių. Upės jūrų muziejus gilinasi į šią istoriją, gilindamasis ne tik į Bilbao jūrinę praeitį, bet ir į uosto praeitį, prie upės žiočių gyvenusius žmones ir tai, kaip visa tai paveikė miesto raidą.Muziejus tinkamai įsikūręs senosios Euskalduna laivų statyklos (pastatytos 1900 m. ir uždarytos 1984 m.) sausuosiuose dokuose - vaikams pritaikytoje erdvėje, kurioje galima apžiūrėti vidaus ir lauko ekspozicijas. Viduje lankytojai gali pažiūrėti intriguojantį vaizdo įrašą apie Bilbao istoriją, pasigrožėti laivų ir valčių modeliais, taip pat ir natūralaus dydžio modeliais, tarp jų - įmantrios medinės konsulato felukos kopija. Vėliau lauke galima apžiūrėti sausuosius dokus, kitus eksponatus ir pasivaikščioti palei estuariją.