Bilbao izaugsme un tās jūrniecības vēsture iet roku rokā, ņemot vērā pilsētas kā vienas no Eiropas ievērojamākajām ostas pilsētām izaugsmi 20. gadsimtā. Upes Jūras muzejs iedziļinās šajā vēsturē, pievēršoties ne tikai Bilbao jūrniecības pagātnei, bet arī atklāj ostas vēsturi, cilvēkus, kas dzīvoja gar upes grīvu, un to, kā tas viss ietekmēja pilsētas attīstību.Muzejs atbilstoši izvietots vecās Euskalduna kuģu būvētavas (uzcelta 1900. gadā un slēgta 1984. gadā) sausajos dokos, kas ir bērniem draudzīga vieta, kurā ir gan iekštelpu, gan āra ekspozīcijas. Iekštelpās apmeklētāji var noskatīties intriģējošu videofilmu par Bilbao vēsturi un izlūkot kuģu un laivu modeļus, kā arī dabīgā izmērā esošos kuģus un laivas, tostarp greznās koka konsulāta felukas reprodukciju. Ārā var apskatīt sausos dokus, citus eksponātus un pastaigāties gar upes grīvu.
