Biserica este rezultatul anexării mai multor structuri arhitecturale: scara dublă de pe fațadă ascunde intrarea în biserica de bază a Consolării din Carbonara; portalul central duce la capela Sfintei Monica, iar cel din stânga la intrarea laterală a bisericii Sfântului Ioan.Este una dintre cele mai bogate biserici din oraș.Frumoasa biserică a fost construită datorită unui nobil, Gualtiero Galeota, care între anii 1339 și 1343 a donat părinților augustinieni terenul din afara zidurilor orașului numit "ad carbonetum", permițându-le acestora să fondeze mănăstirea și biserica (Via Carbonara se numește încă așa deoarece în Evul Mediu era un loc de colectare a gunoaielor în afara zidurilor orașului).Odată cu sosirea la Napoli a regelui Ladislau de Durazzo, a început o reconstrucție completă a bisericii, care a căpătat substanțial aspectul actual, cu excepția unor modificări și adăugiri în secolele următoare. Intrarea importantă dă o idee despre importanța bisericii: se accede prin intermediul unei scări monumentale construite în secolul al XVIII-lea de Ferdinando Sanfelice, care a creat o scară dublă pentru a rezolva problema diferențelor de înălțime dintre stradă și diferitele intrări ale clădirilor care formează structura arhitecturală complexă.Întregul complex include alte două clădiri de cult, care sunt Biserica Santa Monica și Biserica Consolării din Carbonara; în apropiere se află și o altă biserică, Biserica Pietatella din Carbonara. În interiorul monumentalei biserici San Giovanni a Carbonara, construită pe un plan dreptunghiular, se află mausoleul regelui Ladislau, construit între 1414 și 1428 și bogat decorat cu figuri alegorice.În spatele monumentului se află Capela Caracciolo del Sole, cu monumentul lui Sergianni Caracciolo, marele siniscal și amant al reginei Giovanna. Alte capele, cum ar fi cele ale familiilor Miroballo, Somma și Caracciolo di Vico, sunt bogate în statui și monumente sepulcrale importante. Pereții prezintă fresce de la școala lui Giotto, care înfățișează scene din viața monahală și nașterea Fecioarei. În dreapta prezbiteriului se află Capela Caracciolo di Vico, sacristia, altarul Madonei delle Grazie și monumentul funerar Miroballo.Biserica include, de asemenea, șaisprezece lucrări de Giorgio Vasari, create pentru sacristia bisericii. Picturile pe panouri au fost comandate în 1545 de către Ordinul Augustinienilor și realizate de Vasari în 1546, în colaborare cu Cristofano Gherardi, unul dintre cei mai talentați colaboratori ai săi. Erau 16 picturi pe panou, care decorau ușile dulapurilor din sacristie, reprezentând Povești din Vechiul Testament și Episoade din viața lui Ioan Botezătorul. Frumoasele lucrări au fost supuse unei restaurări riguroase și au fost expuse și la Capodimonte.