Bonifacio közvetlenül a Földközi-tengeren fekszik, Szardíniától a Bonifacio-szoros választja el. A város a déli partvidék legjobb és egyetlen jelentős kikötőjénél fekszik, és egyben egy valamivel nagyobb területet lefedő község, beleértve a parttól távol eső Lavezzi-szigeteket is, ami azt a kitüntetést adja, hogy ez a legdélebbi község Franciaország metropoliszában.