Bonifacio ligt direct aan de Middellandse Zee, gescheiden van Sardinië door de Straat van Bonifacio. Het is een stad gelegen aan de beste en enige grote haven van de zuidkust en is tevens een gemeente die een wat groter gebied bestrijkt met inbegrip van de voor de kust liggende eilanden Lavezzi, waardoor het de meest zuidelijke gemeente van Europees Frankrijk is.