Bonifacio terletak tepat di Laut Mediterania, terpisah dari Sardinia oleh Selat Bonifacio. Ini adalah kota yang terletak di pelabuhan terbaik dan satu-satunya pelabuhan utama di pantai selatan dan juga merupakan komune yang mencakup wilayah yang agak lebih luas termasuk Kepulauan Lavezzi di lepas pantai, memberikannya perbedaan sebagai komune paling selatan di Prancis Metropolitan.