Bonifacio leži neposredno ob Sredozemskem morju in je od Sardinije ločen z Bonifacijskim prelivom. Mesto leži v najboljšem in edinem večjem pristanišču na južni obali in je tudi občina, ki pokriva nekoliko večjo regijo, vključno z otoki Lavezzi na morju, zaradi česar je najjužnejša občina v metropolitanski Franciji.