Bonifacio este situat direct pe Marea Mediterană, fiind separat de Sardinia prin strâmtoarea Bonifacio. Este un oraș plasat pe cel mai bun și singurul port important de pe coasta sudică și, de asemenea, este o comună care acoperă o regiune ceva mai mare, inclusiv insulele Lavezzi din largul mării, ceea ce îi conferă distincția de a fi cea mai sudică comună din Franța metropolitană.