Bonifacio yra prie pat Viduržemio jūros, o nuo Sardinijos jį skiria Bonifacio sąsiauris. Tai miestas, įsikūręs geriausiame ir vieninteliame didesniame pietinės pakrantės uoste, taip pat komuna, apimanti šiek tiek didesnį regioną, įskaitant jūroje esančias Lavezzi salas, todėl ji yra piečiausia Prancūzijos metropolijos komuna.