Bonifacio leží přímo u Středozemního moře a od Sardinie je odděleno Bonifacijským průlivem. Je to město ležící v nejlepším a jediném velkém přístavu na jižním pobřeží a také obec zahrnující poněkud větší oblast včetně pobřežních ostrovů Lavezzi, což jí dává prvenství nejjižnější obce v metropolitní Francii.