Bonifacio leží priamo pri Stredozemnom mori a od Sardínie ho oddeľuje Bonifacijský prieliv. Je to mesto, ktoré leží v najlepšom a jedinom veľkom prístave južného pobrežia, a zároveň je to obec, ktorá zahŕňa trochu väčšiu oblasť vrátane pobrežných ostrovov Lavezzi, vďaka čomu je najjužnejšou obcou metropolitného Francúzska.