Bonifacio asub otse Vahemere ääres, Sardiiniast lahutab seda Bonifacio väin. See on linn, mis asub lõunaranniku parimas ja ainsas suuremas sadamas ning on ühtlasi omavalitsusüksus, mis hõlmab mõnevõrra suuremat piirkonda, sealhulgas avamereäärseid Lavezzi saari, mis annab talle selle eripära, et ta on Prantsusmaa suurlinna kõige lõunapoolsem omavalitsusüksus.