Bonifacio ligger direkt vid Medelhavet och skiljs från Sardinien av Bonifaciosundet. Det är en stad som ligger vid den bästa och enda större hamnen på sydkusten och är också en kommun som täcker en något större region inklusive de utanförliggande öarna Lavezzi, vilket ger den utmärkelsen att vara den sydligaste kommunen i Frankrike.