Bonifacio atrodas tieši pie Vidusjūras, un no Sardīnijas to atdala Bonifacio šaurums. Tā ir pilsēta, kas atrodas labākajā un vienīgajā lielajā dienvidu piekrastes ostā, un tā ir arī komūna, kas aptver nedaudz lielāku reģionu, tostarp piekrastes Lavezzi salas, tādējādi tā ir Francijas metropoles dienvidu komūna.