Powstanie budowli oficjalnie datuje się na 29 stycznia 1240 roku, kiedy to Fryderyk II Hohenstaufen nakazał Riccardo da Montefuscolo, justycjariuszowi Capitanaty, przygotowanie materiałów i wszystkiego co niezbędne do budowy zamku w pobliżu kościoła Sancta Maria de Monte (obecnie zaginionego). Ta data nie jest jednak akceptowana przez wszystkich uczonych: według niektórych budowa zamku w tym terminie sięgała już dachów.Od XVII wieku nastąpił długi okres opuszczenia, podczas którego zamek został pozbawiony wyposażenia i marmurowych dekoracji ściennych (których ślady pozostały widoczne jedynie za kapitelami) i stał się nie tylko więzieniem, ale także schronieniem dla pasterzy, bandytów i uchodźców politycznych. W 1876 roku będący w wyjątkowo niepewnym stanie zamek został ostatecznie zakupiony (za kwotę 25 tysięcy funtów) przez państwo włoskie, które zorganizowało jego odbudowę rozpoczętą w 1879 roku. W 1928 roku renowacja kierowana przez architekta Quagliati usunęła gruz na zewnątrz zamku i wyburzyła część rozpadających się struktur, odbudowując je później, aby nadać zamkowi "odmłodzony" wygląd; nie powstrzymało to jego degradacji i w latach 1975-1981 trzeba było przeprowadzić kolejną renowację. W 1936 roku Castel del Monte został uznany za zabytek narodowy.W 1996 r. UNESCO wpisało go na listę światowego dziedzictwa kulturowego ze względu na matematyczny i astronomiczny rygor jego form oraz harmonijne połączenie elementów kulturowych z Europy Północnej, świata islamskiego i klasycznego antyku, co stanowi typowy przykład architektury średniowiecznej.Mimo że powszechnie określa się go mianem "zamku", dokładna funkcja tej imponującej budowli jest wciąż nieznana. Architektonicznie pozbawiona typowo militarnych elementów i fos, położona w niestrategicznym miejscu, budowla prawdopodobnie nie była w rzeczywistości twierdzą. Niektóre elementy konstrukcji zresztą zdecydowanie wykluczają tę hipotezę: na przykład spiralne schody w wieżach ułożone są w kierunku przeciwnym do ruchu wskazówek zegara (inaczej niż w innych ówczesnych konstrukcjach obronnych), co stawiało mieszkańców zamku w niekorzystnej sytuacji wobec ewentualnych napastników, gdyż byliby zmuszeni do trzymania broni lewą ręką. Luki są też zbyt wąskie, by zakładać, że można było strzelać strzałami.Nawet hipoteza, że był to domek myśliwski, zajęcie bardzo lubiane przez suwerena, jest kwestionowana przez obecność drobnych ozdób oraz brak stajni i innych pomieszczeń typowych dla rezydencji myśliwskich.Ze względu na silną symbolikę, jaką jest przepojony, wysunięto hipotezę, że budynek mógł być rodzajem świątyni, a może świątynią wiedzy, w której można było bez przeszkód oddawać się studiom naukowym.W każdym razie ujawnia się jako wielkie dzieło architektoniczne, synteza wyrafinowanej wiedzy matematycznej, geometrycznej i astronomicznej.Pewne drobne asymetrie w rozmieszczeniu pozostałych dekoracji i drzwi wewnętrznych, o ile nie są wynikiem spolszczenia lub przeróbek, nasunęły niektórym badaczom myśl, że zamek i jego pomieszczenia, choć geometrycznie doskonałe, zostały zaprojektowane tak, aby można było z nich korzystać poprzez rodzaj obowiązkowej "ścieżki", prawdopodobnie związanej z kryteriami astronomicznymi.Aby wyjaśnić całkowity brak korytarzy, wysunięto również hipotezę, że na poziomie pierwszego piętra, od strony wewnętrznego dziedzińca, znajdował się niegdyś drewniany balkon, który obecnie zniknął, a który umożliwiałby niezależny dostęp do poszczególnych pomieszczeń.Najnowsza hipoteza przypisuje budynkowi funkcję centrum odnowy biologicznej, przystosowanego do regeneracji i pielęgnacji ciała, wzorowanego na arabskim hammamie. W tym kierunku prowadzi kilka elementów budynku: liczne i pomysłowe systemy kierowania i zbierania wody, liczne cysterny do przechowywania, obecność najstarszych w historii pomieszczeń kąpielowych, szczególny kształt całego kompleksu, obowiązkowa ścieżka wewnętrzna i ośmiokątny kształt.Ze względu na ośmiokątny kształt, z tyloma ośmiokątami umieszczonymi w wierzchołkach centralnego planu, można przyjąć, że budowla została skonstruowana tak, aby przypominała kształt korony; tłumaczyłoby to funkcję Castel del Monte, czyli kolejne potwierdzenie władzy cesarskiej, pomnik.Ośmiokąt, na którym opiera się plan kompleksu i jego elementów, jest wysoce symbolicznym kształtem geometrycznym: jest to figura pośrednia między kwadratem, symbolem ziemi, a kołem, reprezentującym nieskończoność nieba, a zatem oznaczałby przejście od jednego do drugiego.Wybór ośmiokąta mógł wywodzić się z Kopuły na Skale w Jerozolimie, którą Fryderyk II widział podczas szóstej wyprawy krzyżowej, lub z Kaplicy Palatyńskiej w Akwizgranie.Cała konstrukcja jest przesiąknięta silną symboliką astrologiczną, a jej położenie zostało tak zaprojektowane, aby w dni przesilenia i równonocy cienie rzucane przez ściany miały określony kierunek. Na przykład w południe w równonoc jesienną cienie ze ścian idealnie sięgają na długość wewnętrznego dziedzińca, a dokładnie miesiąc później obejmują również całą długość pomieszczeń. Ponadto dwa razy w roku (8 kwietnia i 8 października, a październik był wówczas uważany za ósmy miesiąc roku) promień słońca wpada przez okno w ścianie południowo-wschodniej i przechodząc przez okno wychodzące na wewnętrzny dziedziniec, oświetla fragment ściany, na której wcześniej wyrzeźbiono płaskorzeźbę.Na dwóch kolumnach flankujących portal wejściowy przykucnęły dwa lwy, ten po prawej patrzy w lewo i odwrotnie, zwrócone w stronę punktów na horyzoncie, gdzie słońce wschodzi podczas dwóch przesileń letnich i zimowych.Można zauważyć jeszcze jedną osobliwość w budynku: do pięciu cystern na wodę pod wieżami, pięć kominów wewnątrz jest idealnie połączonych. Niektórzy wiążą tę obecność ze słowami Ewangelii według Łukasza: "Dziś ja was chrzczę wodą, ale przyjdzie jeszcze taki, który was chrzcić będzie ogniem", dając tym samym wiarę hipotezie, że budynek służył jako rodzaj świątyni.Zauważono, że budynek widziany z daleka wydaje się bardzo podobny do korony, a w szczególności do tej, którą został ukoronowany sam Fryderyk II (również ośmiokątnej).Gdyby idealnie przeciąć portal wejściowy do budynku pionową linią przechodzącą przez jego oś, można by dostrzec duże F, inicjał suwerena, który tego chciał i który być może w ten sposób pozostawił swój ślad i podpis. Również układ schodów został zaprojektowany tak, aby każdy wychodzący nie mógł odwrócić się plecami do budynku lub inicjału człowieka, który kazał go zbudować.Liczba osiem powtarza się w różnych elementach tej konstrukcji: ośmiokątny kształt budynku, wewnętrznego dziedzińca i osiem wież na jego wierzchołkach, osiem wewnętrznych pomieszczeń, wewnętrzna niecka, która miała być ośmiokątna, osiem czterolistnych kwiatów na lewej ramie na portalu wejściowym, kolejne osiem na dolnej ramie, osiem liści na kapitelach kolumn w pomieszczeniach, osiem liści na zworniku, osiem liści winorośli na zworniku pierwszego pokoju na parterze, osiem liści słonecznika na zworniku kolejnego pokoju, osiem liści i osiem płatków na zworniku piątego pokoju, osiem liści akantu na zworniku ósmego pokoju, osiem liści figowych na zworniku ósmego pokoju na piętrze.