O Castelo Aragonês foi construído no final do século XV por Alfonso d'Aragona para defender o Golfo de Pozzuoli das incursões mouriscas, como parte de um vasto programa de construção de sistemas de fortificação conduzido em todo o sul de Itália, com o objectivo de proporcionar uma defesa válida contra as frequentes invasões sarracenos e contra o antagonismo tenaz dos barões locais, que estavam frequentemente unidos para derrubar o domínio real. O vasto programa de reforço do sistema de defesa foi concebido como uma série articulada de fortificações organicamente ligadas entre si; construíram-se, portanto, bastiões principalmente ao longo da costa (em Gaeta, Mondragone, Ischia, Baia e Pozzuoli), para dificultar o desembarque das frotas inimigas. O historiador Riccardo Filangieri relata, de facto, que o soberano, recorrendo ao conselho do arquitecto Francesco di Giorgio Martini, mandou erguer uma fortificação na Baia, para defender a ampla enseada de Miseno a Nisida. Hoje não restam vestígios da arquitectura original do castelo, uma vez que foi construído no período aragonês e depois radicalmente transformado nas décadas seguintes do vice-reinado espanhol, na sequência das inovações introduzidas nas técnicas militares. O reforço do edifício, deixado inacabado pelos aragoneses, foi realizado mais tarde pelo vice-rei Pedro Alvarez de Toledo, quando o castelo foi danificado em 1538 pela erupção de Monte Nuovo, um acontecimento que exigiu extensos trabalhos de restauro, o que, juntamente com o ordenado por Don Pedro, levou à perda definitiva do aspecto arquitectónico primitivo do edifício. No entanto, isto ainda está representado numa talha de 1539, que mostra uma torre de menagem muito alta com planta quadrangular, rodeada por um muro de cortina que, por sua vez, é reforçado por torres de canto igualmente talhadas, com uma base escarpada e planta quadrada. O novo organismo de construção foi consideravelmente ampliado em direcção ao sul, sendo construído com paredes poderosas descansando directamente sobre o banco de rochas tufáceas, o que lhe deu a aparência que ainda hoje tem. O actual plano do forte é alongado e corre paralelo à encosta leste do promontório. A noroeste está a posição avançada da torre de vigia conhecida como Torre Tenaglia, devido à forma do baluarte na sua base; nos cantos opostos, a sul, encontram-se dois outros baluartes, dos quais o a sudeste permitia o controlo do acesso ao mar, enquanto o a sudoeste assegurava a defesa da entrada a partir de terra, que se fazia através de um sinuoso lance de degraus que conduzia a uma primeira ponte levadiça. A oeste, a protecção era também assegurada pelos portos de armas localizados ao longo do perímetro crenelado e por um duplo muro bastião. O núcleo original do castelo (maschio ou donjon) estava localizado na parte mais alta do promontório, perto da Torre Tenaglia, e o caminho que conduzia a ela estava protegido por mais três pontes levadiças. Em 1575, Benvenuto Tortorelli propôs a construção de uma muralha circundante do lado do mar, tendo identificado um ponto fraco na defesa do castelo. Aproximadamente um século depois, em 1670, o engenheiro da Corte Real, Francesco Antonio Picchiatti, indicou obras urgentes de manutenção, incluindo a restauração do parapeito do Baluardo delle Dame e do muro de contenção do anterior, conhecido como o Stendardo. No século XVIII, o castelo foi então afectado por numerosos acontecimentos, que contribuíram para os seus danos: durante trinta anos foi ocupado por tropas austríacas; depois sofreu novos cercos durante o breve período da República Napolitana e uma nova breve ocupação pelas tropas francesas de Joseph Bonaparte. Após a reconquista de Bourbon, a fortaleza junto ao mar foi reforçada e foram construídos novos quartéis para os soldados. Em 1887, a guarnição militar do castelo cessou finalmente a sua função de fortificação para a defesa da linha costeira filandesa, de modo que uma fase de lento declínio começou a partir desse momento, com contínuas transferências de propriedade de uma administração para outra. Durante a Primeira Guerra Mundial, o forte foi utilizado para manter prisioneiros de guerra, pelo que se ergueram muros altos no terraço da Torre Tenaglia para criar um recinto. Em 1926, o Alto Comissariado da Província e o Município de Nápoles obtiveram do Gabinete de Propriedade Estatal que o castelo fosse utilizado como local de um grande instituto para órfãos de guerra, de modo que no espaço de três anos foram realizados trabalhos consideráveis que transformaram radicalmente o edifício, alterando e por vezes anulando os vestígios das construções construídas nos séculos anteriores. Em 1975, o castelo deixou também de ser utilizado como orfanato e a propriedade foi devolvida ao Gabinete de Propriedade Estatal, que em 1984 o atribuiu à então Superintendência Arqueológica das províncias de Nápoles e Caserta, que tinha proposto que fosse utilizado como um museu arqueológico dedicado à área flegrafense. Finalmente, desde 1993, tornou-se a sede do Museu Arqueológico dos Campos Flegraus, que consiste em seis secções topográficas dedicadas respectivamente a Cumae, Puteoli, Rione Terra, Liternum, Baia e Misenum, divididas em cinquenta e seis salas de museu