Se abren paso bajo el suelo de Roma, a lo largo de la Vía Apia, en una serie de túneles de aspecto realmente aterrador, que cubren una distancia de más de 25 km de túneles distribuidos en cuatro niveles y que alcanzan una profundidad de más de 20 metros. Según la tradición, se extienden por otros 200 km bajo tierra en el Lacio. Las catacumbas eran lugares de enterramiento y también se convirtieron en lugares de peregrinación para los primeros cristianos perseguidos por el Imperio Romano. Es un lugar cargado de historia, rodeado de una atmósfera mágica, única y preciosa. En estas catacumbas fueron enterrados un número indeterminado de mártires, 16 pontífices y mucha gente común. Toman su nombre del diácono San Calixto, quien, a principios del siglo III, fue designado por el Papa Céfiro para administrar el cementerio, y así las catacumbas de San Calixto se convirtieron en el cementerio oficial de la Iglesia de Roma.
En el subsuelo son visibles dos pequeñas basílicas con tres ábsides, llamadas "Tricore". En la oriental, probablemente fueron enterrados el Papa San Céfiro y el joven mártir de la Eucaristía, San Tarsicio.
El cementerio subterráneo consta de varias zonas. La Cripta de los Papas es el lugar más sagrado e importante de estas catacumbas, llamadas "el pequeño Vaticano" porque allí fueron enterrados 9 papas y probablemente 8 dignatarios de la Iglesia del siglo III. A lo largo de las paredes se encuentran las inscripciones originales en griego de 5 papas. En cuatro lápidas, junto al nombre del pontífice aparece el título de "obispo", porque el papa era considerado el jefe de la Iglesia de Roma, y en dos lápidas aparece también la abreviatura griega de "MPT" (mártir).
La cripta de Santa Cecilia, la popular patrona de la música. De familia noble romana, fue martirizada en el siglo III. Enterrada en el lugar donde ahora se encuentra su estatua, fue venerada aquí durante al menos cinco siglos. En el año 821, sus reliquias fueron trasladadas a la basílica dedicada a ella en el Trastévere. La estatua de Santa Cecilia es una copia de la famosa obra de Maderno, esculpida en 1599. La cripta estaba decorada con frescos y mosaicos. En la pared, junto a la estatua, hay una antigua imagen de Santa Cecilia, en actitud orante; abajo, en un pequeño nicho, hay una representación del Salvador, sosteniendo el Evangelio; junto a ella hay una pintura del papa mártir San Urbano. En una de las paredes del lucernario se encuentran las figuras de tres mártires: Polícamo, Sebastián y Quirino. se trata de los núcleos más antiguos (siglo II).
Atravesando imponentes galerías llenas de lóculos, llegamos a cinco pequeñas salas, verdaderas tumbas familiares, llamadas cubiculae de los Sacramentos y particularmente importantes por sus frescos. Los frescos datan de principios del siglo III y representan simbólicamente los sacramentos de Batesim y la Eucaristía. El profeta Jonás, símbolo de la resurrección, también está representado allí.