Eles serpenteiam sob o solo de Roma, ao longo da Via Ápia, numa série de túneis verdadeiramente assustadores, cobrindo uma distância de mais de 25 km de túneis distribuídos por quatro níveis e atingindo uma profundidade de mais de 20 metros. De acordo com a tradição, estendem-se por mais 200 km subterrâneos no Lácio. As catacumbas foram locais de sepultamento e também se tornaram locais de peregrinação para os primeiros cristãos perseguidos pelo Império Romano. É um lugar impregnado de história, rodeado por uma atmosfera mágica, única e preciosa. Um número desconhecido de mártires, 16 pontífices e muitas pessoas comuns foram enterradas nestas catacumbas. Tiram o seu nome ao diácono São Calisto, que, no início do século III, foi nomeado pelo Papa Zephyrinus para administrar o cemitério, e assim as catacumbas de São Calisto tornaram-se o cemitério oficial da Igreja de Roma.
Duas pequenas basílicas com três ápses, chamadas 'Tricore', são visíveis no subsolo. No oriental, o Papa S. Zephyrinus e o jovem mártir da Eucaristia, S. Tarcisio, foram provavelmente enterrados.
O cemitério subterrâneo é composto por várias áreas. A Cripta dos Papas é o lugar mais sagrado e importante nestas catacumbas, chamada "o pequeno Vaticano", porque 9 papas e provavelmente 8 dignitários da Igreja do século III foram aí enterrados. Ao longo das paredes estão as inscrições originais em grego de 5 papas. Em quatro lápides, ao lado do nome do pontífice está o título 'bispo', porque o papa foi considerado o chefe da Igreja de Roma, e em duas lápides está também a abreviatura grega para 'MPT' (mártir).
A Cripta de Santa Cecília, a popular santa padroeira da música. De uma nobre família romana, ela foi martirizada no século III. Enterrada onde agora se encontra a sua estátua, ela foi aqui venerada durante pelo menos cinco séculos. Em 821 as suas relíquias foram transportadas para a basílica que lhe foi dedicada em Trastevere. A Estátua de Santa Cecília é uma cópia da famosa obra de Maderno, esculpida em 1599. A cripta foi decorada com frescos e mosaicos. Na parede ao lado da estátua está uma antiga imagem de Santa Cecília, numa atitude de oração; em baixo, num pequeno nicho está uma representação do Salvador, segurando o Evangelho; ao lado está uma pintura do papa mártir São Urbano. Numa parede da clarabóia estão as figuras de três mártires: Polycamus, Sebastian e Quirinus. estes são os núcleos mais antigos (2º cêntimo.).
Passando por imponentes galerias cheias de locúrios, chegamos a cinco pequenas salas, verdadeiros túmulos familiares, chamados cubículos dos Sacramentos e particularmente importantes para os seus frescos. Os frescos datam do início do século III e representam simbolicamente os sacramentos de Batesim e a Eucaristia. O profeta Jonas, símbolo da ressurreição, também é aí retratado.