Los primeros registros de una catedral se remontan al siglo XII, cuando existía una iglesia dedicada a San Pedro Apóstol. El edificio no era lo suficientemente grande como para albergar a un gran número de fieles, por lo que un siglo después de su construcción fue demolido para dar cabida a un nuevo edificio, que duró hasta la época napoleónica. El nuevo edificio fue dedicado a San Marcos y regido por la orden de los dominicos. En 1797 la iglesia fue confiscada por Napoleón Bonaparte y sus tropas, que la convirtieron en su cuartel general; pronto fue necesario demoler la estructura por razones militares. Las obras de reconstrucción duraron de 1807 a 1810 y requirieron importantes intervenciones del arquitecto Cristoforo Vallizzone. El nuevo edificio había perdido por completo sus connotaciones góticas originales, adoptando un aspecto neoclásico. Cuando se reabrió en 1810, se confirmó que la catedral de Alejandría era la catedral de San Pedro y San Marcos. La fachada del edificio sagrado no se terminó hasta 1820; son interesantes los frescos que simbolizan la vida de San Pedro Apóstol. La decoración interior del edificio se realizó en la década de 1920. Hay varias obras de interés en el interior del edificio.