La catedral de San Martín de Eisenstadt fue mencionada por primera vez en 1264. De esta capilla quedan restos de un cimiento románico en la zona del coro actual. En el siglo XIII la capilla se amplió con la adición de un coro de estilo gótico temprano. En el siglo XIV se añadió una capilla para los laicos. En 1460 la iglesia fue reconstruida bajo el mando del capitán de la ciudad Johann Siebenhirter como iglesia fortificada o defensiva, ya que se esperaba un ataque de los turcos tras la caída de Constantinopla en 1453. El edificio gótico se terminó en 1522. Tras el gran incendio de 1589 pasaron casi 30 años antes de que se construyera la iglesia gravemente dañada, entre 1610 y 1629.
En 1777 se añadió un gran retablo de Stefan Dorffmeister, que representa "La Transfiguración de San Martín". Al año siguiente, el organero vienés Malleck instaló un órgano siguiendo las instrucciones de Joseph Haydn.
Tras la creación de la diócesis de Eisenstadt, la iglesia de San Martín fue elevada al rango de catedral en 1960. San Martín se convirtió en el patrón de la diócesis y del Land. Bajo el mandato del obispo Stephan László, en 1960 se renovaron el interior y las ventanas.
La catedral es famosa por su música de iglesia. Aquí también se celebran los conciertos del Festival anual de Haydn. En 2002/2003 la catedral fue renovada de nuevo, el interior fue reformado. El moderno mobiliario fue diseñado por la artista Brigitte Kowanz.
