Martin din Eisenstadt a fost menționată pentru prima dată în 1264. Din această capelă există încă rămășițe ale unei fundații romanice în zona actualului cor. În secolul al 13-lea capela a fost extinsă prin adăugarea unui cor gotic timpuriu. În secolul al 14-lea a fost adăugată o capelă pentru laici. În 1460 biserica a fost reconstruită sub căpitanul orașului Johann Siebenhirter ca biserică fortificată sau defensivă, deoarece un atac al turcilor era așteptat după căderea Constantinopolului în 1453. Clădirea gotică a fost terminată în 1522. După Marele Incendiu din 1589 au trecut aproape 30 de ani înainte de a avea loc construcția bisericii grav avariate, între 1610 și 1629.
În 1777 a fost adăugat un altar mare de Stefan Dorffmeister, reprezentând 'Schimbarea la Față a Sfântului Martin'. În anul următor, constructorul de organe vienez Malleck a instalat o orgă la instrucțiunile lui Joseph Haydn.
După crearea Eparhiei de Eisenstadt, Biserica Sf. Martin a fost ridicată la rangul de catedrală în 1960. Sfântul Martin a devenit sfântul patron al eparhiei și al țării. Sub Episcopul Stephan l Xixtszl Xixt în 1960 interiorul și ferestrele au fost reînnoite.
Catedrala este renumită pentru muzica bisericească. Aici au loc și concerte ale festivalului anual Haydn. În 2002/2003 catedrala a fost renovată din nou, interiorul a fost renovat. Mobilierul modern a fost proiectat de artista Brigitte Kowanz.
