La cattedrale di San Martino a Eisenstadt fu menzionata per la prima volta nel 1264. Di questa cappella ci sono ancora resti di una fondazione romanica nella zona dell'attuale coro. Nel 13° secolo la cappella fu ampliata con l'aggiunta di un coro del primo gotico. Nel XIV secolo fu aggiunta una cappella per i laici. Nel 1460 la chiesa fu ricostruita sotto il capitano della città Johann Siebenhirter come una chiesa fortificata o difensiva, poiché si prevedeva un attacco dei turchi dopo la caduta di Costantinopoli nel 1453. L'edificio gotico fu finito nel 1522. Dopo il grande incendio del 1589 passarono quasi 30 anni prima che la costruzione della chiesa gravemente danneggiata avesse luogo, tra il 1610 e il 1629.
Nel 1777 fu aggiunta una grande pala d'altare di Stefan Dorffmeister, raffigurante 'La Trasfigurazione di San Martino'. L'anno seguente l'organaro viennese Malleck installò un organo su istruzioni di Joseph Haydn.
Dopo la creazione della diocesi di Eisenstadt, la chiesa di San Martino fu elevata al rango di cattedrale nel 1960. San Martino divenne il patrono della diocesi e del paese. Sotto il vescovo Stephan László nel 1960 l'interno e le finestre furono rinnovate.
La cattedrale è famosa per la musica da chiesa. Qui si svolgono anche i concerti dell'annuale Festival Haydn. Nel 2002/2003 la cattedrale è stata rinnovata di nuovo, l'interno è stato rinnovato. L'arredamento moderno è stato progettato dall'artista Brigitte Kowanz.
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