Cerkev je nastala s pripojitvijo več arhitekturnih objektov: dvojno stopnišče na pročelju skriva vhod v spodnjo cerkev Tolažbe v Carbonari; osrednji portal vodi do kapele Santa Monice, tisti na levi pa do stranskega vhoda v cerkev San Giovanni.Je ena najbogatejših cerkva z umetninami v mestu.Čudovito cerkev je bila zgrajena po zaslugi plemiča Gualtiera Galeote, ki je med letoma 1339 in 1343 očetom avguštincem podaril zemljišče zunaj mestnega obzidja, imenovano "ad carbonetum", in jim omogočil ustanovitev samostana in cerkve (Via Carbonara se imenuje danes vse tako, ker je bilo v srednjem veku zbirališče odpadkov zunaj obzidja).S prihodom kralja Ladislava iz Durazza v Neapelj se je začela popolna prenova cerkve, ki je v bistvu prevzela današnjo podobo, razen nekaterih sprememb in dozidav v naslednjih stoletjih. Pomemben vhod nam pomaga razumeti pomen cerkve: do nje dostopamo skozi monumentalno stopnišče, ki ga je v 18. stoletju zgradil Ferdinando Sanfelice, ki je ustvaril stopnišče z dvojno klančino, da bi rešil problem neravnin med ulico in različnimi vhodi. stavb, ki tvorijo kompleksno arhitekturno strukturo.Pravzaprav celoten kompleks vključuje še dve verski zgradbi, to sta cerkev Santa Monica in cerkev Consolazione v Carbonari; v bližini je tudi druga cerkev, Pietatella v Carbonari. Znotraj monumentalne cerkve San Giovanni a Carbonara, zgrajene na pravokotnem tlorisu, izstopa mavzolej kralja Ladislava, zgrajen med letoma 1414 in 1428 in poln alegoričnih figur.Za spomenikom je Cappella Caracciolo del Sole s spomenikom Sergiannija Caracciola, velikega senešala in ljubimca kraljice Giovanne. Druge kapele, kot so kapele Miroballo, Somma in Caracciolo di Vico, so polne kipov in pomembnih grobnih spomenikov. Na stenah so freske iz šole Giotto, ki predstavljajo prizore samostanskega življenja in rojstva Device. Desno od prezbiterija so kapela Caracciolo di Vico, zakristija, oltar Marije delle Grazie in nagrobni spomenik Miroballo.Cerkev je vključevala tudi šestnajst del Giorgia Vasarija, ustvarjenih za zakristijo cerkve. Slike na lesu je leta 1545 naročil red avguštincev, izdelal pa jih je Vasari leta 1546 s sodelovanjem Cristofana Gherardija, enega njegovih najboljših sodelavcev. 16 slik na lesu, ki so krasile vrata omar v zakristiji, so prikazovale Zgodbe iz Stare zaveze in Epizode iz Krstnikovega življenja. Čudovita dela so bila podvržena strogemu restavriranju in so tudi razstavljena v Capodimonteju.
