La storia della Chiesa di Santa Maria della Passione è complessa, e la sua struttura ha subito molte modifiche nel corso dei secoli. La chiesa, che venne fatta costruire dai Canonici regolari di Sant'Agostino, detti Lateranensi, comprende perciò tanto elementi tardorinascimentali quanto elementi barocchi. La sua costruzione iniziò alla fine del quindicesimo secolo e durò tre secoli.
La parte più antica della Chiesa di Santa Maria della Passione è costituita da quella posteriore, che comprende un tiburio ottagonale cui erano collegate otto cappelle, alternativamente a pianta semicircolare o rettangolare. Il primitivo impianto venne forse progettato da Giovanni Antonio Amadeo, ma a realizzarlo fu comunque Giovanni Battagio. Esso era quindi centralizzato, come in molti santuari mariani della Lombardia rinascimentale. La cupola, divisa in otto spicchi e con decorazioni pittoriche di Panfilo Nuvolone, comunque, venne completata da Cristoforo Lombardo, detto il Lombardino. Da notare che la struttura è resa più grandiosa dal fatto che la cupola non poggia direttamente sulla trabeazione, ma su un tamburo nel quale si aprono finestre inframmezzate da semicolonne poste in corrispondenza dei vertici dell'ottagono. Lungo tutta la base della cupola è presente un cornicione che sintetizza la profezia di Isaia sulla Passione e riporta citazioni provenienti dall'Antico Testamento. Si notino, anche, fra la trabeazione e gli archi dell'ottagono affreschi monocromatici di sibille e profeti (si ricorda che nel Rinascimento si collocavano le sibille a fianco dei profeti per suggerire un parallelismo, nell'attesa del Cristo, fra mondo pagano e mondo ebraico). Il tiburio, la struttura che si sovrappone esternamente alla cupola, è caratterizzato da linee classiciste, tanto sobrie e classicheggianti quanto imponenti e severe.Per quanto riguarda la facciata della Chiesa di Santa Maria della Passione, il progetto è anche esso di Martino Bassi ma venne realizzata dal suo allievo Dionigi Campazzo. In origine era presente una statua di angelo su tutti i sei piloni, non solo sui due più esterni.
La Chiesa di Santa Maria della Passione è importante non solo dal punto di vista storico e architettonico, ma anche perché ospita innumerevoli opere di grande pregio di vari artisti, in gran parte dedicate al tema della passione di Cristo. Da segnalare, fra le tante opere, le quattro grandi pale nel transetto, l'Ultima Cena di Gaudenzio Ferrari (al centro nella parte bassa della Foto 8) e La Crocifissione di Bernardino Campi nel transetto di sinistra, La Deposizione in quello di destra. Curiosamente dell'Ultima Cena del Ferrari esiste una quasi copia all'interno della Basilica Vecchia del Santuario di Oropa presso Biella. I personaggi sono quasi identici, mentre lo sfondo è totalmente diverso. Molto belli anche i dipinti sulle ante dei due organi, con opere di Daniele Crespi e Carlo Urbino. Le mezze figure dei santi lateranensi sui pilastri della navata si trovavano in origine nel refettorio del convento e vennero spostate nella chiesa alla soppressione di questo nel 1782. Opere molto belle di Carlo Urbino sono infine presenti nella Cappella Taverna, coincidente di fatto, nella chiesa attuale, con il ramo destro del transetto e caratterizzata da un soffitto stupendamente decorato.
