Die so genannte Chiesa Nuova oder "neue Kirche" ersetzte eine frühere Kapelle aus dem 12. Jahrhundert an der dem Heiligen Johannes geweihten Stätte. Sie ist auch als Santa Maria in Vallicella bekannt - die Kirche in dem kleinen Tal. Papst Gregor XIII. schenkte diese ältere Kirche dem heiligen Philipp Neri, einer der attraktivsten Persönlichkeiten dieser Zeit, in Anerkennung der Gründung der Oratorianer oder Filippini durch den Priester. Wie die Jesuiten war dies einer von mehreren religiösen Orden, die im 16. Jahrhundert während der Gegenreformation gegründet wurden, und auch im Innern wurde der Wunsch Philipps, die Kirche einfach nur weiß zu tünchen, leise vergessen. Im Jahr 1647 erhielt Pietro da Cortona den Auftrag, ein Fresko im Kirchenschiff, in der Kuppel und in der Apsis zu malen, ein Unterfangen, für dessen Ausführung er immer wieder 20 Jahre brauchte. Das Ergebnis ist ein aufwendiger und prächtiger Barockzyklus, das Leben und die Apotheose des Äneas, der mit den anderen Kunstschätzen der Kirche, einem Altarbild und einem flankierenden Gemäldepaar von Rubens, konkurriert. Diese wurden auf Schiefer gemalt, um die Auswirkungen des reflektierten Lichts zu reduzieren. Ebenso wichtig sind seine Darstellung und seine Heimsuchung, die sich im linken Querschiff bzw. in der vierten Kapelle des linken Seitenschiffs befinden. Das Überwältigendste an der Kirche sind die prachtvollen, schaudernden, vergoldeten Orgeln auf den gegenüberliegenden Seiten des Kirchenschiffs. 1637 bis 1652 wurde das Oratorium der Filippini vor der Kirche links aufgestellt (geöffnet: meist vormittags und für Ausstellungen). Das Hauptquartier von Philip Neri wird von einer eigentümlich geschwungenen, von Borromini entworfenen Fassade überragt. Hier hielten die Anhänger des Heiligen ihre musikalischen Gottesdienste ab. In dieser Zeit entwickelte sich die als Oratorium bekannte Musikform, doch heute ist das Gebäude ruhig und beherbergt das kapitolinische Archiv und die Biblioteca Vallecelliana, Roms größte Bibliothek für Geschichte und Altertümer.