Det arkeologiska museet ligger i ett extraordinärt arkitektoniskt sammanhang, det tidigare klostret i det stora klostret San Maurizio, grundat i åttonde århundradet e. Kr., där historien om antika Milano fortfarande visar sina spår. Området ockuperades av en bostadsbyggnad av det första århundradet e. Kr., väggarna och den stora Romerska cirkusen intill Det kejserliga palatset i slutet av det tredje århundradet e.kr., varav betydande rester har bevarats.
Samlingarna utställs i olika rum beroende på kultur av tillhörighet. På bottenvåningen, förbi den första klostret (arkitektonisk dekoration av milanesiskt ursprung) är avsnittet tillägnad antika Milano. Besöket fortsätter i den inre klostret ("det Milanese samhället genom epigraferna") där du kan besöka polygonala tornet (slutet av III-talet) med hög-medeltida fresker (XIII-talet).
I källaren kan du besöka konstdelen Gandhara och levande i Mediolanum avsnitt. Från museets inre kloster, längs gångvägen som korsar de romerska väggarna når du byggnaden av via Nirone 7, ny förlängning av museet. På bottenvåningen, bredvid konferensundervisningen rummet är inrättat en väg tillägnad gammal musik (tysta ljud. Bilder och musikinstrument av Civic Archaeological Museum of Milan). På första våningen är den höga medeltiden avsnitt, på andra etruskiska sektionen medan tredje våningen är tillägnad den grekiska sektionen. Från ett litet rum längst ner i den etruskiska sektionen kan du ta en titt på de två romerska tornen i komplexet i det stora klostret. Inne i murens polygonala torn visas en skulptur donerad till kommunen Milano av Mimmo Paladino. De egyptiska, förhistoriska och protohistoriska samlingarna visas i Visconti-rummen på Castello Sforzesco.