Civita di Bagnoregio ligger på en mycket osäker plats på en platå av tuffsten och riskerar att kollapsa eftersom de stora lerbankarna som stöder den är utsatta för ständig erosion.BALNEUM REGIS uppträder för första gången 599/600 i ett brev från påven Gregorius den store till biskopen av Chiusi Ecclesio. Det finns inga tidigare dokument som styrker toponymen eller något annat namn. Balneum regis är ett toponym av gotiskt-omgobardiskt ursprung som definierar en kunglig egendom. Det är inte osannolikt att det finns ett samband med ett kurbad, vilket det finns få bevis för.Den första säkra historiska informationen om Bagnoregio, eller snarare Bagnorea, som är dess äldsta namn, går tillbaka till 600-talet e.Kr. då staden nämns bland de italienska biskopssätena. Det är dock säkert att Bagnoregio efter Romarrikets fall föll under goternas dominans först och sedan under långobardernas, och slutligen gav Karl den store det till påvedömet tillsammans med den återstående delen av Petrus' arv i Tuscia. Efter den frankiska erövringen växlade en rad feodalherrar i maktutövningen, bland dem Monaldeschi som senare blev herrar över Orvieto.På 1100-talet blev staden en fri kommun och upplevde en period av välstånd och kulturell och konstnärlig vitalitet. Hotet från det närliggande mäktiga Orvieto förblev dock ett hot, och Bagnoregio måste definitivt placeras i dess politiska omloppsbana under denna period. Ibland blev relationerna mellan de två städerna bittra och konfliktfyllda och även de närliggande städerna drogs in i striderna. Trots att Bagnoregio var inblandad i krig och försök till ockupation lyckades man dock behålla ett relativt självstyre.Den fruktansvärda pestepidemin 1348 (den som Boccaccio berättar om i Decameron) gjorde staden till en skugga av sitt forna jag; det sägs att mer än 500 personer dog på en enda dag. År 1494 lyckades Bagnoresi förstöra Monaldeschi della Cervaras befästa fästning för att definitivt befria sig från faran av de hatade tyrannernas återkomst.År 1494 motsatte sig Bagnoresi modigt att Frankrikes kung Karl VIII, som var på väg med sin armé till Neapel för att ockupera staden, kom in i staden. Den heroiska handlingen fick dock inget erkännande från påven Alexander VI Borgia, som två år senare gav den stolta känslan av kommunal frihet ett slag genom att införa en kardinalsguvernörsregim som varade fram till 1612, det år då Bagnoregio hamnade under kontroll av den apostoliska delegationen i Viterbo, som åtog sig att respektera de gamla kommunala stadgarna från 1367. Livet i Bagnoregio flöt lugnt och stilla, och stördes mer av stadens naturliga och geologiska växlingar än av politiska händelser eller krigshandlingar. Det var först 1867 som en militär omvälvning inträffade när den första våldsamma sammandrabbningen mellan den påvliga milisen och Garibaldis frivilliga ägde rum, vilket historien minns som "slaget vid Bagnorea". År 1870 blev Bagnoregio slutligen en del av det italienska kungariket.Civita di Bagnoregio är en plats med en mystisk charm. Spår som ännu inte har tolkats, ett stort nätverk av underjordiska tunnlar och dess geografiska läge har gett upphov till analyser och hypoteser om dess ursprung och ritualer, till den grad att den har identifierats som en av de möjliga platserna för Fanum Voltumne, den etruskiska nationens helgedom.
