En fait, Civita di Bagnoregio se trouve sur un terrain très précaire, situé sur un plateau de tuf, risquant de s'effondrer car les vastes bancs d'argile qui le soutiennent sont soumis à une érosion continue. BALNEUM REGIS apparaît pour la première fois en 599/600dans une lettre du pape Grégoire le Grand adressée à l'évêque de Chiusi Ecclesio. Il n'existe aucun document antérieur attestant du toponyme ou de tout autre nom. Balneum regis est un toponyme d'origine gothique-lomgobarde, définissant une propriété royale. Un lien avec un complexe thermal, dont il existe peu de preuves, n'est pas improbable. Les premières informations historiques certaines sur Bagnoregio, ou plutôt Bagnorea, qui est son nom le plus ancien, remontent au VIe siècle de notre ère, lorsqu'elle est mentionnée parmi les sièges épiscopaux italiens. Il est certain, cependant, qu'après la chute de l'Empire romain, Bagnoregio est tombé sous la domination des Goths d'abord et des Lombards ensuite, et finalement Charlemagne l'a donné à la papauté avec la partie restante du patrimoine de Saint Pierre en Tuscia. Après la conquête franque, une série de seigneurs féodaux se succédèrent dans l'exercice du pouvoir, parmi lesquels les Monaldeschi qui devinrent plus tard seigneurs d'Orvieto. Au XIIe siècle, elle devient une commune libre et connaît une période de prospérité et de vitalité culturelle et artistique. Toutefois, la menace de la puissante ville voisine d'Orvieto, dans l'orbite politique de laquelle Bagnoregio doit certainement être placée à cette époque, subsistait. À certains moments, les relations entre les deux villes sont devenues amères et conflictuelles, et même les centres voisins ont été entraînés dans les luttes. Cependant, même si elle a été impliquée dans des guerres et des tentatives d'occupation, Bagnoregio a réussi à maintenir une autonomie relative. La terrible épidémie de peste de 1348 (celle racontée dans le Décaméron de Boccace) a réduit la ville à l'ombre de ce qu'elle était auparavant ; on dit que plus de 500 personnes sont mortes en un seul jour. En 1494, les Bagnoresi parviennent à détruire la forteresse des Monaldeschi della Cervara pour se libérer définitivement du danger du retour des tyrans détestés. En 1494, les Bagnoresi s'opposèrent courageusement à l'entrée dans la ville du roi de France, Charles VIII, qui se rendait à Naples avec son armée pour l'occuper. L'acte héroïque n'est toutefois pas accompagné d'une reconnaissance de la part du pape Alexandre VI Borgia qui, deux ans plus tard, porte un coup au fier sentiment de liberté communale en instituant le régime des cardinaux-gouverneurs qui durera jusqu'en 1612, année où Bagnoregio passe sous le contrôle de la délégation apostolique de Viterbe, qui s'engage à respecter les anciens statuts communaux de 1367. La vie de la communauté de Bagnoregio s'écoulait tranquillement, perturbée davantage par les vicissitudes naturelles et géologiques de leur ville que par les événements politiques ou les actes de guerre. Ce n'est qu'en 1867 qu'un bouleversement militaire se produit avec le premier affrontement violent entre la milice papale et les volontaires de Garibaldi, que l'histoire retient sous le nom de "bataille de Bagnorea". En 1870, Bagnoregio a finalement fait partie du Royaume d'Italie. Civita di bagnoregio est un lieu au charme mystérieux. Des vestiges qui n'ont pas encore été interprétés, un vaste réseau de galeries souterraines et sa position géographique même ont donné lieu, même à une époque récente, à des analyses et à des hypothèses sur ses origines et ses rituels, au point de l'identifier comme l'un des sites possibles du Fanum Voltumne, le sanctuaire de la nation étrusque.
