De fapt, Civita di Bagnoregio se află pe un teren foarte precar, situat pe un platou de tuf, riscând să se prăbușească, deoarece vastele bănci de argilă care îl susțin sunt supuse unei eroziuni continue.BALNEUM REGIS apare pentru prima dată în 599/600într-o scrisoare a Papei Grigore cel Mare adresată episcopului de Chiusi Ecclesio. Nu există documente anterioare care să ateste toponimul sau orice alt nume. Balneum regis este un toponim de origine gotică-lomgobardă, care definește o proprietate regală. O legătură cu un complex balnear, despre care există puține dovezi, nu este improbabilă.Primele informații istorice certe despre Bagnoregio, sau mai degrabă Bagnorea, acesta fiind cel mai vechi nume al său, datează din secolul al VI-lea d.Hr. când este menționat printre sediile episcopale italiene. Cu toate acestea, este cert că, după căderea Imperiului Roman, Bagnoregio a căzut sub stăpânirea goților mai întâi și a longobarzilor mai târziu, iar în cele din urmă, Carol cel Mare l-a dăruit papalității împreună cu partea rămasă din Patrimoniul Sfântului Petru din Tuscia. După cucerirea francilor, o serie de stăpâni feudali au alternat în exercitarea puterii, printre care Monaldeschi, care mai târziu au devenit stăpâni ai Orvieto.În secolul al XII-lea a devenit o comună liberă, cunoscând o perioadă de prosperitate și vitalitate culturală și artistică. Inconfundabilă a rămas însă amenințarea puternicei Orvieto din apropiere, în orbita politică a căreia Bagnoregio trebuie plasată cu siguranță în această perioadă. Uneori, relațiile dintre cele două orașe au devenit acerbe și conflictuale și chiar și centrele învecinate au fost antrenate în lupte. Cu toate acestea, chiar dacă a fost implicat în războaie și încercări de ocupație, Bagnoregio a reușit să își păstreze o autonomie relativă.Teribila epidemie de ciumă din 1348 (cea povestită în Decameronul lui Boccaccio) a redus orașul la o umbră a ceea ce a fost; se spune că peste 500 de persoane au murit într-o singură zi. În 1494, Bagnoresi a reușit să distrugă fortăreața fortificată a Monaldeschi della Cervara pentru a se elibera definitiv de pericolul revenirii odiosilor tirani.În 1494, Bagnoresi s-au opus cu curaj intrării în oraș a regelui Franței, Carol al VIII-lea, care se îndrepta cu armata sa spre Napoli pentru a-l ocupa. Actul eroic nu a fost însă egalat de nicio recunoaștere din partea papei Alexandru al VI-lea Borgia, care doi ani mai târziu a dat o lovitură mândrului sentiment de libertate comunală prin instituirea regimului cardinalilor-guvernatori care a durat până în 1612, an în care Bagnoregio a trecut sub controlul Delegației Apostolice din Viterbo, care s-a angajat să respecte vechile statute comunale din 1367. Viața comunității din Bagnoregio curgea liniștită, tulburată mai mult de vicisitudinile naturale și geologice ale orașului lor decât de evenimente politice sau acte de război. Abia în 1867 a avut loc o revoltă militară, când a avut loc prima ciocnire violentă între miliția papală și voluntarii lui Garibaldi, pe care istoria o amintește ca "Bătălia de la Bagnorea". În 1870, Bagnoregio a devenit în cele din urmă parte a Regatului Italiei.Civita di Bagnoregio este un loc cu un farmec misterios. Vestigii care nu au fost încă interpretate, o vastă rețea de tuneluri subterane și însăși poziția sa geografică au dat naștere, chiar și în vremuri recente, la analize și ipoteze privind originile și ritualurile sale, până la punctul de a-l identifica drept unul dintre posibilele situri ale Fanum Voltumne, sanctuarul națiunii etrusce.