Tegelikult seisab Civita di Bagnoregio väga ebakindlal pinnasel, paiknedes tufaplatool, mis on kokkuvarisemisohtlik, sest seda toetavaid tohutuid savipanku ähvardab pidev erosioon.BALNEUM REGIS esineb esimest korda 599/600. aastal paavst Gregorius Suure kirjas, mis on adresseeritud Chiusi Ecclesio piiskopile. Varasemad dokumendid, mis tõendaksid seda toponüümi või mõnda muud nime, puuduvad. Balneum regis on gooti-Lomgobardi päritolu toponüüm, mis määratleb kuninglikku vara. Seos spaakompleksiga, mille kohta on vähe tõendeid, ei ole ebatõenäoline.Esimesed kindlad ajaloolised andmed Bagnoregio või õigemini Bagnorea kohta - see on selle vanim nimetus - pärinevad 6. sajandist pKr, kui seda mainitakse Itaalia piiskopkondade hulgas. Kindel on aga see, et pärast Rooma impeeriumi lagunemist langes Bagnoregio esmalt gootide ja hiljem langobardide võimu alla ning lõpuks andis Karl Suur selle koos ülejäänud osaga Toskias asuvast Püha Peetruse patriigist paavstiriigile. Pärast frankide vallutamist vaheldusid võimu teostamisel mitmed feodaalid, nende hulgas Monaldeschid, kellest hiljem said Orvieto isandad.12. sajandil sai linnast vaba kommuun, mis elas õitsengu ning kultuurilise ja kunstilise elujõulisuse perioodi. Püsivaks jäi siiski lähedal asuva võimsa Orvieto oht, mille poliitilisele orbiidile Bagnoregio tuleb sel perioodil kindlasti paigutada. Kohati muutusid kahe linna suhted kibedaks ja konfliktseks ning isegi naaberkeskused olid võitlusesse kaasatud. Kuigi Bagnoregio osales sõdades ja okupatsioonikatsetes, suutis ta siiski säilitada suhtelise autonoomia.1348. aasta kohutav katkuepideemia (millest on juttu Boccaccio "Dekameronis") vähendas linna varju oma endisest enesest; räägitakse, et ühe päeva jooksul suri üle 500 inimese. 1494. aastal õnnestus Bagnoresil hävitada Monaldeschi della Cervara kindlustatud linnus, et lõplikult vabaneda vihkavate türannide tagasituleku ohust.1494. aastal astusid Bagnoresi vapralt vastu Prantsusmaa kuninga Karl VIII sisenemisele linna, kes oli oma armeega teel Napolile, et seda okupeerida. Selle kangelasliku teoga ei kaasnenud siiski mingit tunnustust paavst Aleksander VI Borgia poolt, kes kaks aastat hiljem andis uhkele kogukonna vabaduse tunnetusele löögi, kehtestades kardinal-valitsejate režiimi, mis kestis kuni 1612. aastani, mil Bagnoregio läks Viterbo apostliku delegatsiooni kontrolli alla, kes kohustus austama 1367. aasta vanu kogukonna põhikirju. Bagnoregio kogukonna elu kulges rahulikult, mida häirisid pigem linna looduslikud ja geoloogilised muutused kui poliitilised sündmused või sõjategevus. Alles 1867. aastal toimus sõjaline murrang, kui toimus esimene vägivaldne kokkupõrge paavstliku miilitsa ja Garibaldi vabatahtlike vahel, mida ajalugu mäletab kui "Bagnorea lahingut". 1870. aastal sai Bagnoregio lõpuks Itaalia Kuningriigi osaks.Civita di bagnoregio on salapärase võlujõuga koht. Jäänused, mida ei ole veel tõlgendatud, ulatuslik maa-aluste tunnelite võrgustik ja selle geograafiline asukoht on andnud põhjust isegi viimasel ajal analüüside ja hüpoteeside koostamiseks selle päritolu ja rituaalide kohta, kuni selleni, et seda on peetud üheks võimalikuks Fanum Voltumne, etruskide pühapaiga paigaks.
