W rzeczywistości Civita di Bagnoregio stoi na bardzo niepewnym gruncie, usytuowana na tufowym płaskowyżu, grozi zawaleniem, ponieważ podtrzymujące ją rozległe gliniane brzegi podlegają ciągłej erozji.BALNEUM REGIS pojawia się po raz pierwszy w 599/600 roku w liście papieża Grzegorza Wielkiego skierowanym do biskupa Chiusi Ecclesio. Nie ma żadnych wcześniejszych dokumentów poświadczających ten toponim, ani żadnej innej nazwy. Balneum regis to toponim pochodzenia gotycko-lomgobardzkiego, określający posiadłość królewską. Niewykluczony jest związek z kompleksem uzdrowiskowym, na który nie ma zbyt wielu dowodów.Pierwsza pewna informacja historyczna o Bagnoregio, a właściwie Bagnorea, bo taka jest jego najstarsza nazwa, pochodzi z VI wieku n.e., kiedy to jest wymieniane wśród włoskich siedzib biskupich. Pewne jest jednak, że po upadku Cesarstwa Rzymskiego Bagnoregio dostało się pod panowanie najpierw Gotów, później Lombardów, a w końcu Karol Wielki przekazał je papiestwu wraz z pozostałą częścią patrymonium św. Piotra w Toskanii. Po podboju frankijskim władzę sprawowała na przemian seria panów feudalnych, wśród nich Monaldeschi, którzy później stali się panami Orvieto.W XII wieku stało się wolną gminą, przeżywając okres prosperity oraz witalności kulturalnej i artystycznej. Wciąż jednak istniało zagrożenie ze strony pobliskiego potężnego Orvieto, w którego politycznej orbicie Bagnoregio musiało się w tym okresie z pewnością znaleźć. Niekiedy stosunki między obu miastami stawały się gorzkie i konfliktowe, a do walk wciągano nawet sąsiednie ośrodki. Jednak mimo zaangażowania w wojny i próby okupacji, Bagnoregio zdołało zachować względną autonomię.Straszliwa epidemia dżumy z 1348 roku (ta, o której opowiada Dekameron Boccaccia) zredukowała miasto do cienia dawnego siebie; mówi się, że w ciągu jednego dnia zmarło ponad 500 osób. W 1494 roku Bagnoresi zdołali zniszczyć warowną twierdzę Monaldeschi della Cervara, aby definitywnie uwolnić się od niebezpieczeństwa powrotu znienawidzonych tyranów.W 1494 roku Bagnoresi dzielnie przeciwstawili się wjazdowi do miasta króla Francji, Karola VIII, który zmierzał ze swoją armią do Neapolu, aby go zająć. Ten heroiczny czyn nie spotkał się jednak z uznaniem ze strony papieża Aleksandra VI Borgii, który dwa lata później zadał cios dumnemu poczuciu wolności wspólnotowej, ustanawiając reżim kardynałów-gubernatorów, który trwał aż do 1612 roku, kiedy to Bagnoregio znalazło się pod kontrolą delegatury apostolskiej z Viterbo, która zobowiązała się do przestrzegania dawnych statutów gminnych z 1367 roku. Życie wspólnoty Bagnoregio toczyło się spokojnie, zakłócane bardziej przez zmienne warunki naturalne i geologiczne miasta niż przez wydarzenia polityczne czy działania wojenne. Dopiero w 1867 r. nastąpił przewrót wojskowy, kiedy doszło do pierwszego gwałtownego starcia między papieską milicją a ochotnikami Garibaldiego, które historia zapamiętała jako "bitwę pod Bagnorea". W 1870 roku Bagnoregio stało się ostatecznie częścią Królestwa Włoch.Civita di Bagnoregio to miejsce o tajemniczym uroku. Ślady, które nie zostały jeszcze zinterpretowane, rozległa sieć podziemnych tuneli i samo położenie geograficzne dały początek, nawet w ostatnich czasach, analizom i hipotezom na temat jego pochodzenia i rytuałów, do tego stopnia, że zidentyfikowano je jako jedno z możliwych miejsc Fanum Voltumne, sanktuarium narodu etruskiego.
