Civita di Bagnoregio stojí na veľmi neistom mieste, na tufovej plošine, kde hrozí zrútenie, pretože rozsiahle hlinené brehy, ktoré ju podopierajú, sú vystavené neustálej erózii.BALNEUM REGIS sa prvýkrát objavuje v roku 599/600v liste pápeža Gregora Veľkého adresovanom biskupovi Chiusi Ecclesio. Neexistujú žiadne skoršie dokumenty, ktoré by potvrdzovali toto toponymum alebo iný názov. Balneum regis je toponymum gótsko-lomgobardského pôvodu, ktoré definuje kráľovský majetok. Súvislosť s kúpeľným komplexom, o ktorom je málo dôkazov, nie je nepravdepodobná.Prvá istá historická informácia o Bagnoregiu, či skôr Bagnorea, to je jeho najstarší názov, pochádza zo 6. storočia n. l., keď sa spomína medzi talianskymi biskupskými sídlami. Isté však je, že po páde Rímskej ríše sa Bagnoregio dostalo najprv pod nadvládu Gótov, neskôr Lombardov a napokon ho Karol Veľký spolu so zvyšnou časťou patrimonia svätého Petra v Toskánsku daroval pápežstvu. Po dobytí Frankami sa vo výkone moci vystriedalo niekoľko feudálnych pánov, medzi nimi aj Monaldeschiovci, ktorí sa neskôr stali pánmi Orvieta.V 12. storočí sa stalo slobodnou obcou a zažilo obdobie prosperity a kultúrnej a umeleckej vitality. Neprítomná však zostávala hrozba neďalekého mocného Orvieta, do ktorého politickej orbity treba Bagnoregio v tomto období určite zaradiť. Vzťahy medzi oboma mestami sa občas stávali ostrými a konfliktnými a do bojov boli zatiahnuté aj susedné centrá. Napriek tomu, že sa Bagnoregio zúčastnilo na vojnách a pokusoch o okupáciu, dokázalo si zachovať relatívnu autonómiu.Strašná morová epidémia v roku 1348 (o ktorej sa píše v Boccacciovom Dekamerone) zmenila mesto na tieň jeho niekdajšej podoby; uvádza sa, že za jediný deň zomrelo viac ako 500 ľudí. V roku 1494 sa Bagnoresi podarilo zničiť opevnenú pevnosť Monaldeschi della Cervara, aby sa definitívne zbavili nebezpečenstva návratu nenávidených tyranov.V roku 1494 sa Bagnoresi odvážne postavili proti vstupu francúzskeho kráľa Karola VIII. do mesta, ktorý bol na ceste so svojím vojskom do Neapola, aby ho obsadil. Tento hrdinský čin sa však nestretol s uznaním zo strany pápeža Alexandra VI. Borgiu, ktorý o dva roky neskôr zasadil hrdému pocitu komunálnej slobody úder zavedením režimu kardinálov-gubernátorov, ktorý trval až do roku 1612, keď sa Bagnoregio dostalo pod kontrolu apoštolskej delegatúry z Viterba, ktorá sa zaviazala rešpektovať starobylé komunálne stanovy z roku 1367. Život komunity v Bagnoregiu plynul pokojne, narušený skôr prírodnými a geologickými výkyvmi ich mesta než politickými udalosťami alebo vojnovými udalosťami. Až v roku 1867 došlo k vojenskému prevratu, keď sa odohral prvý násilný stret medzi pápežskou domobranou a Garibaldiho dobrovoľníkmi, ktorý si história pamätá ako "bitku pri Bagnorei". V roku 1870 sa Bagnoregio napokon stalo súčasťou Talianskeho kráľovstva.Civita di Bagnoregio je miesto s tajomným čarom. Dôkazy, ktoré ešte neboli interpretované, rozsiahla sieť podzemných tunelov a samotná geografická poloha dali aj v nedávnej minulosti podnet k analýzam a hypotézam o jeho pôvode a rituáloch, až po jeho označenie za jedno z možných miest Fanum Voltumne, svätyne etruského národa.