Στην πραγματικότητα, η Civita di Bagnoregio βρίσκεται σε πολύ επισφαλές έδαφος, σε ένα οροπέδιο από τόφφο, με κίνδυνο κατάρρευσης επειδή οι τεράστιες αργιλικές όχθες που τη στηρίζουν υπόκεινται σε συνεχή διάβρωση.Το BALNEUM REGIS εμφανίζεται για πρώτη φορά το 599/600 σε επιστολή του Πάπα Γρηγορίου του Μεγάλου προς τον επίσκοπο του Chiusi Ecclesio. Δεν υπάρχουν προηγούμενα έγγραφα που να πιστοποιούν το τοπωνύμιο ή οποιοδήποτε άλλο όνομα. Το Balneum regis είναι τοπωνύμιο γοτθικής-λομγοβαρδικής προέλευσης, που προσδιορίζει μια βασιλική ιδιοκτησία. Δεν είναι απίθανη η σύνδεση με ένα συγκρότημα λουτρών, για το οποίο υπάρχουν ελάχιστα στοιχεία.Η πρώτη ασφαλής ιστορική πληροφορία για το Bagnoregio, ή μάλλον Bagnorea, αυτή είναι η παλαιότερη ονομασία του, χρονολογείται από τον 6ο αιώνα μ.Χ., όταν αναφέρεται μεταξύ των ιταλικών επισκοπικών εδρών. Είναι βέβαιο, ωστόσο, ότι μετά την πτώση της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας το Bagnoregio περιήλθε στην κυριαρχία των Γότθων αρχικά και των Λογγοβάρδων αργότερα, και τελικά ο Καρλομάγνος το έδωσε στον Παπισμό μαζί με το υπόλοιπο τμήμα της κληρονομιάς του Αγίου Πέτρου στην Τοσκία. Μετά τη φραγκική κατάκτηση, μια σειρά φεουδαρχών εναλλάσσονταν στην άσκηση της εξουσίας, μεταξύ των οποίων και οι Monaldeschi που έγιναν αργότερα άρχοντες του Orvieto.Τον 12ο αιώνα έγινε ελεύθερη κοινότητα, βιώνοντας μια περίοδο ευημερίας και πολιτιστικής και καλλιτεχνικής ζωτικότητας. Επικρατούσα, ωστόσο, παρέμενε η απειλή του κοντινού ισχυρού Ορβιέτο στην πολιτική τροχιά του οποίου το Bagnoregio πρέπει οπωσδήποτε να τοποθετηθεί κατά την περίοδο αυτή. Κατά καιρούς, οι σχέσεις μεταξύ των δύο πόλεων έγιναν πικρές και συγκρουσιακές και ακόμη και τα γειτονικά κέντρα παρασύρθηκαν στους αγώνες. Ωστόσο, αν και εμπλεκόμενο σε πολέμους και απόπειρες κατοχής, το Bagnoregio κατάφερε να διατηρήσει μια σχετική αυτονομία.Η τρομερή επιδημία πανώλης του 1348 (αυτή που αφηγείται το Δεκαήμερο του Boccaccio) μετέτρεψε την πόλη σε σκιά του εαυτού της- λέγεται ότι περισσότεροι από 500 άνθρωποι πέθαναν σε μία μόνο ημέρα. Το 1494, οι Bagnoresi κατάφεραν να καταστρέψουν το οχυρωμένο φρούριο των Monaldeschi della Cervara για να απαλλαγούν οριστικά από τον κίνδυνο της επιστροφής των μισητών τυράννων.Το 1494, οι Bagnoresi αντιτάχθηκαν γενναία στην είσοδο στην πόλη του βασιλιά της Γαλλίας, Καρόλου Η', ο οποίος κατευθυνόταν με τον στρατό του προς τη Νάπολη για να την καταλάβει. Η ηρωική αυτή πράξη δεν συνοδεύτηκε, ωστόσο, από καμία αναγνώριση από τον Πάπα Αλέξανδρο ΣΤ' Βοργία, ο οποίος δύο χρόνια αργότερα κατάφερε πλήγμα στο περήφανο συναίσθημα της κοινοτικής ελευθερίας θεσπίζοντας το καθεστώς των καρδιναλίων-κυβερνητών που διήρκεσε μέχρι το 1612, έτος κατά το οποίο το Μπανιορέτζιο περιήλθε υπό τον έλεγχο της Αποστολικής Αντιπροσωπείας του Βιτέρμπο, η οποία ανέλαβε να σεβαστεί το αρχαίο κοινοτικό καταστατικό του 1367. Η ζωή της κοινότητας του Bagnoregio κυλούσε ήσυχα, διαταραγμένη περισσότερο από τις φυσικές και γεωλογικές μεταβολές της πόλης τους παρά από πολιτικά γεγονότα ή πολεμικές πράξεις. Μόνο το 1867 σημειώθηκε μια στρατιωτική αναταραχή, όταν έλαβε χώρα η πρώτη βίαιη σύγκρουση μεταξύ της παπικής πολιτοφυλακής και των εθελοντών του Γκαριμπάλντι, η οποία έμεινε στην ιστορία ως "η μάχη του Μπανγκορέι". Το 1870, το Bagnoregio έγινε τελικά μέρος του Βασιλείου της Ιταλίας.Η Civita di Bagnoregio είναι ένα μέρος με μυστηριώδη γοητεία. Λείψανα που δεν έχουν ακόμη ερμηνευτεί, ένα τεράστιο δίκτυο υπόγειων σηράγγων και η ίδια η γεωγραφική του θέση έχουν δώσει, ακόμη και τους τελευταίους χρόνους, αφορμή για αναλύσεις και υποθέσεις σχετικά με την προέλευση και τις τελετουργίες του, σε σημείο που να το προσδιορίζουν ως έναν από τους πιθανούς χώρους του Fanum Voltumne, του ιερού του ετρουσκικού έθνους.