Los orígenes del convento de Kostomarovsky Spassky no se conocen con certeza, pero se cree que fue fundado como monasterio en el siglo XVII por monjes procedentes de Ucrania que se instalaron aquí junto con los cosacos. Sin embargo, es posible que el monasterio sea mucho más antiguo e incluso existe la teoría de que se remonta a la época en que el cristianismo se introdujo en Rusia.
Los primeros testimonios escritos sobre el monasterio datan de finales del siglo XVIII, cuando se menciona como skete del monasterio de Belogorsky Voskresensky. Tras la Revolución, el monasterio fue clausurado, aunque algunos monjes permanecieron aquí en secreto. Uno de ellos fue el anciano Pyotr, que fue descubierto a finales de la década de 1930, fue encarcelado y se dice que murió en prisión. Durante la Segunda Guerra Mundial, el antiguo monasterio se encontraba en territorio ocupado y se dice que algunos lugareños se escondieron en las cuevas. Poco después de la guerra se permitió la reapertura de la catedral del Salvador, pero en 1959 volvió a cerrarse bajo las políticas antirreligiosas de Jruschov. En 1997, el territorio fue devuelto a la Iglesia Ortodoxa y reabierto, pero como convento y no como monasterio.
