Οι τοιχογραφίες που διακοσμούν την Κρύπτη του Επιφανίου είναι από τα σημαντικότερα δείγματα της ευρωπαϊκής ζωγραφικής του πρώιμου Μεσαίωνα, λόγω της τεχνικής και τυπικής τους ποιότητας, της πολυπλοκότητας των θεμάτων που απεικονίζονται και της άριστης κατάστασης διατήρησής τους.Οι απεικονίσεις ξεκινούν με την εικόνα ενός απλωμένου χεριού, πάνω από το παράθυρο του βόρειου βραχίονα, που συμβολίζει το χέρι του Αιώνιου Πατέρα, παραπέμποντας στην υπερφυσική προέλευση του φωτός, το όχημα για την αποκάλυψη της Αλήθειας. Στον ανατολικό τοίχο, αφηγείται η ενσάρκωση του Λόγου στον Χριστό, η ανανέωση της διαθήκης με τον άνθρωπο που επιτρέπει τη σωτηρία του (ο Ευαγγελισμός, η εγκυμοσύνη της Μαρίας, η γέννηση, η πλύση του Χριστού, η Σταύρωση, κάτω από την οποία απεικονίζεται ο ηγούμενος Επιφάνιος, η επίσκεψη των Ευσεβών Γυναικών στον Πανάγιο Τάφο και μέσα σε μια κόγχη ο Χριστός, ο Άγιος Λαυρέντιος και ο Άγιος Στέφανος). Στα δεξιά του ανατολικού βραχίονα απεικονίζεται η βασίλισσα Μαρία καθισμένη σε θρόνο, ντυμένη σαν βυζαντινή αυτοκράτειρα. Κρατά στην αγκαλιά της το μωρό Ιησού, κρατώντας τον πάπυρο του νόμου που ανανεώνει τη συνθήκη συμμαχίας μεταξύ Θεού και ανθρώπου. Στα πόδια των μορφών βρίσκονται άγνωστες μορφές.Ο δυτικός τοίχος απεικονίζει τη μαρτυρία εκείνων που επέλεξαν να πιστέψουν στον Ιησού αποδεχόμενοι το μαρτύριο. Η ομάδα των απεικονίσεων αρχίζει με την κάθοδο του Χριστού στο Limbo, ζωγραφισμένη στο θόλο πάνω από την είσοδο, και ακολουθούν, στον τοίχο: μια θεωρία αγίων που προσφέρουν στον Χριστό το κοσμηματοστό στεφάνι, σύμβολο του μαρτυρίου τους, και, πέρα από την κεντρική αψίδα, τα βασανιστήρια του Αγίου Λαυρέντιου και του Αγίου Στεφάνου, που χωρίζονται από μια κόγχη με την απεικόνιση ενός προσευχόμενου διακόνου.Η αφήγηση κορυφώνεται στην αψίδα όπου απεικονίζονται ορισμένα στοιχεία από τα οράματα που είδε ο Ευαγγελιστής Ιωάννης και καταγράφηκαν στο βιβλίο της Αποκάλυψης (οι τέσσερις άγγελοι στις τέσσερις γωνίες της γης για να συγκρατήσουν τους ανέμους και ο πέμπτος άγγελος, ίσως ο ίδιος ο Χριστός, που αναδύεται από την Ανατολή με τη σφραγίδα του ζωντανού Θεού). Πάνω από τη μορφή του πέμπτου αγγέλου είναι πάλι η Μαρία Βασίλισσα, καθισμένη σε θρόνο, στα χέρια της κρατά ένα ανοιχτό βιβλίο με τους πρώτους στίχους του "Magnificat" με τους οποίους ευχαριστεί τον Θεό για τη θαυματουργή μητρότητά της. Η θέση της μπορεί να παραπέμπει στο ρόλο της ως μεσολαβητή μεταξύ του Θεού-κριτή και της ανθρωπότητας. Κάτω από τα πόδια του πέμπτου αγγέλου υπάρχουν επίσης ίχνη μιας μικρής, γονυπετής μορφής, την οποία τα σωζόμενα γράμματα της επιγραφής μας επιτρέπουν να ταυτίσουμε με έναν "episc[opus]" επίσκοπο, τον πιθανό εντολέα του έργου. Κεντρική είναι η εικόνα του Χριστού Παντοκράτορα στο σημείο όπου τέμνονται οι βραχίονες.Η διακοσμητική ταινία που διατρέχει το κάτω μέρος των τοίχων αναπαράγει τα μοτίβα των υφασμάτων που κρεμόταν στους τοίχους των εκκλησιών- ειδικότερα, απέναντι από την είσοδο, απεικονίζεται ένας αποτροπαϊκός κόμπος, ο οποίος χρησίμευε για την αποτροπή των δυνάμεων του κακού. Τέλος, στην αψίδα υπάρχουν αναπαραστάσεις πελεκάνων, οι οποίοι, στον χριστιανικό συμβολισμό, αποτελούν μεταφορά του Χριστού που θυσιάστηκε στον Μυστικό Δείπνο, επειδή για να θρέψουν τα μικρά τους σκίζουν το δέρμα τους προσφέροντας το ίδιο τους το αίμα.
