La historia de las Cuevas de Neptuno se remonta a la prehistoria. Diversos vestigios, pertenecientes al periodo neolítico, encontrados en su interior sugieren que han pasado unos 2.000.000 de años desde su formación. Es casi seguro que los hombres primitivos las conocían y las utilizaban según sus propias necesidades.
Las Cuevas de Neptuno no sólo son las más famosas, sino también las más grandes. Se extienden a lo largo de unos 4 km, pero por razones de seguridad los turistas sólo pueden acceder a una parte. Además de ser un importante destino turístico y acoger a visitantes de todo el mundo, las Cuevas de Neptuno son también un destino popular para los espeleólogos, que son los únicos que pueden visitar sus recovecos secretos.