Das einzigartige Museum widmet sich der 6.000-jährigen Geschichte des Brotes als unverzichtbare Grundlage der menschlichen Kultur und Zivilisation. Es verdankt seine Entstehung und Entwicklung dem jahrzehntelangen persönlichen Engagement von Willy Eiselen (1896-1981) und seinem Sohn Hermann Eiselen (geb. 1926). Beide beschäftigten sich mit der Herstellung und dem Vertrieb von Backzutaten und gehörten zu den führenden Lieferanten des Bäckereihandwerks.
Die beiden Unternehmer gründeten 1955 das Museum als Deutsches Brotmuseum in Form eines Vereins. Die erste Dauerausstellung stammt aus dem Jahr 1960. Es war das erste und für viele Jahre das einzige Museum seiner Art weltweit. Es war eine rein private Einrichtung, die von den Gründern finanziert wurde. Im Jahr 1991 wurde die Trägerschaft des Museums von der Eiselen-Stiftung, einer unabhängigen gemeinnützigen Einrichtung, übernommen; gleichzeitig zog das Museum in den Salzstadel, einen historischen Speicher im Zentrum von Ulm.
Hier blühte das Museum auf und konnte im Jahr 2004 den einmillionsten Besucher begrüßen.
