Det mest kända museet i Åbo är Sjöfartsmuseet som ligger strax före slottet, mot Auraflodens mynning. Museet är inrymt i en gammal ladugård och berättar Åbos Sjöhistoriska historia. Några av skeppen förtöjda längs floden är en del av museet: Posamine Keihässalmi, Sigyn med sina tre master och Suomen Joutsen, den finska Svanen, som användes under andra världskriget som sjukhusfartyg.