Die Basilika San Vittore ist zusammen mit dem Glockenturm und dem Baptisterium von San Giovanni das religiöse Herz von Varese.
Das heutige Gebäude ist das Ergebnis verschiedener Eingriffe, die in drei aufeinanderfolgenden Momenten stattfanden: zuerst das tiefe Presbyterium, das in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts erbaut wurde; dann die dreischiffige Halle, die die vorherige - vielleicht romanische - Kirche ersetzte, gekrönt von dem herrlichen Tiburium, dem Werk von Giuseppe Bernasconi, das zwischen 1589 und 1625 errichtet wurde; schließlich die neoklassische Fassade, die zwischen 1788 und 1791 nach einem Entwurf von Leopoldo Pollack gebaut wurde.
Im Inneren wird das Auge vom Presbyterium angezogen, auf das die polygonale Apsis aufgepfropft ist, deren Grundriss aus Bramante-Matrix durch die Eingriffe ab der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts verändert wurde.
Der Altar, ein bemerkenswertes Beispiel des lombardischen Barocks, wurde von dem Mailänder Architekten Bartolomeo Bolla entworfen und von den Bildhauern von Vigevano Buzzi zwischen 1734 und 1742 realisiert; Elia Vincenzo Buzzi schuf die Statuen nach einer Zeichnung von Pierantonio Magatti.
Die neue Anordnung des Presbyteriums, gemäß den Normen des Zweiten Vatikanischen Konzils, wurde 1991 mit der Realisierung des Altars, des Ambos, des Sitzes und des Astylarkreuzes, das zum Gedenken an Paul VI. gestiftet und nach dem Entwurf von Floriano Bodini realisiert wurde, endgültig festgelegt. Neben der Basilika steht der 84 Meter hohe Glockenturm, der von Bernascone entworfen und anderthalb Jahrhunderte später fertiggestellt wurde; der Überlieferung nach finden sich an der Südseite Spuren von Kanonenkugeln, die 1859 von den österreichischen Truppen abgeschossen wurden, um die Einwohner von Varese dafür zu bestrafen, dass sie beim siegreichen Einzug von Garibaldis Truppen die Glocken läuteten. Eine sehr alte Erinnerung an die Geschichte von Varese ist das nahegelegene Baptisterium: es wurde in der Mitte des dreizehnten Jahrhunderts erbaut und enthält eine von einem Meister aus Campione geschnitzte Tauffront und Fresken aus dem vierzehnten Jahrhundert.
