Pelantikan tahun 2001 oleh Cardinal Carlo Maria Martini, yang kemudian diberi nama pada tahun 2017, museum adalah titik kedatangan sebuah proyek penting yang beberapa tokoh terbesar dari Kepulauan Milan abad dua puluh telah memberikan kontribusi mereka. Asal-usulnya kembali ke intuisi pertama yang diberkati Ildefonso Schuster di tahun 1931, kemudian diambil oleh Kardinal Montini pada tahun 1960 yang mengindikasikan sebagai kursi dari museum baru Cloister Sand'eust, salah satu daerah penting untuk sejarah Kristen. Akhirnya, Cardinal Martini, di tahun delapanpuluhan, dipercayakan dengan tugas yang sulit untuk memulai pekerjaan rekonstruksi dari jubah tersebut, sangat rusak oleh pemboman Perang Dunia Kedua, dipercayakan kepada studio Belgiooso.Biara Dominika pertama di Milan terletak di sini, mulai di abad ketiga belas, dan dua biara, di mana Museum Basila's Basil'eustio dan Museum Diocesan terletak, adalah apa yang tersisa itu kuno.
Koleksi permanen Museum Diocesan, yang menempati cloister kedua, terdiri dari lebih dari seribu karya antara II dan XXI berabad-abad. Dari kantor Uskup Agung datang koleksi dari Kepulauan Milanese (bagian dari Monti, Viscardi, Riccardi, koleksi Pozzonelli, dan lengkap koleksi Odescalchi Odescalchi.
Selain lukisan dari gereja-gereja dari Keuskupan, museum melindungi sekelompok karya liturgi. Koleksi ini diselesaikan oleh bagian yang didedikasikan untuk dana emas (karya keempat belas dan Kelimabelas abad, kebanyakan Tuscan, dikumpulkan oleh Prof Alberto Crespi dan disumbangkan ke museum), serta Legacy dan lukisan dari koleksi lukisan indah dari Catinaenaro, koleksi dari Marc Schubert dan lukisan indah.
Akhirnya, untuk inti pertama karya-karya memahat oleh Lucio Fontana, ditambahkan banyak karya XX dan XXI berabad-abad, sebuah deklarasi bunga yang tumbuh dari museum untuk sezaman.
