Martina v Eisenstadte sa prvýkrát spomína v roku 1264. Z tejto kaplnky sa v areáli súčasného chóru stále nachádzajú pozostatky románskeho základu. V 13. storočí bola kaplnka rozšírená o ranogotický zbor. V 14. storočí pribudla kaplnka pre laikov. V roku 1460 bol kostol prestavaný pod vedením mestského kapitána Johanna Siebenhirtera ako Opevnený alebo obranný kostol, pretože po páde Carihradu v roku 1453 sa očakával útok Turkov. Gotická budova bola dokončená v roku 1522. Po veľkom požiari v roku 1589 uplynulo takmer 30 rokov pred výstavbou ťažko poškodeného kostola v rokoch 1610 až 1629.
V roku 1777 bol pridaný veľký oltárny obraz Štefana Dorffmeistera, zobrazujúci Premenenie svätého Martina. V nasledujúcom roku viedenský staviteľ organov Malleck nainštaloval organ podľa pokynov Josepha Haydna.
Po vytvorení diecézy Eisenstadt bol kostol svätého Martina povýšený do hodnosti katedrály v roku 1960. Svätý Martin sa stal patrónom diecézy a krajiny. Za biskupa Stephana Lászlóa v roku 1960 bol obnovený interiér a okná.
Katedrála je známa svojou cirkevnou hudbou. Konajú sa tu aj koncerty každoročného Haydnovho Festivalu. V rokoch 2002/2003 bola katedrála opäť zrekonštruovaná, interiér bol zrekonštruovaný. Moderné zariadenie navrhla umelkyňa Brigitte kowanz.
