L'église et le monastère attenant sont mentionnés depuis 1016, lorsque la chapelle qui s'y trouvait a été transformée et dédiée à l'archange Michel par le moine bénédictin Bono. L'ensemble est passé aux moines camaldules entre 1105 et 1111, et y est resté jusqu'en 1782, année de la suppression, après quoi l'église a été transformée en prieuré. Le bâtiment actuel est le résultat d'une longue série de transformations, qui a débuté au XIIIe siècle et s'est poursuivie avec la transformation du clocher médiéval en 1676, la rénovation du baroque tardif au milieu du XVIIIe siècle et la reconstruction après le tremblement de terre de 1846, jusqu'à la reconstruction d'après-guerre achevée en 1963. La façade, avec son revêtement en marbre, remonte au XIVe siècle et se caractérise par trois portails dans la partie inférieure : le central est surmonté d'un édicule gothique, qui encadre la Vierge à l'Enfant, les anges et l'abbé offrandeur de Lupo di Francesco (originaux au Museo di S. Matteo), et une partie supérieure avec trois rangées de petites loggias. Les inscriptions sur la partie inférieure de la façade font référence à une élection du recteur de l'université au début du XVIIe siècle. Les trois nefs intérieures sont soutenues par des colonnes aux chapiteaux romans, tandis que le maître-autel est construit au-dessus de la crypte des 11-12e siècles. On peut y voir un crucifix du XIVe siècle attribué à Nino Pisano ; sinon, il y a des fresques et des peintures datant du XIIIe au XVIIIe siècle. Deux fouilles archéologiques différentes, l'une devant et l'autre derrière l'église, ont respectivement mis au jour une route en briques du XIIIe siècle et les structures du monastère de la fin du XIIIe siècle, un puits de l'époque moderne et dix silos des XVIe et XVIIe siècles utilisés pour stocker le grain.