La St. Nikolai-Kirche (église Saint-Nicolas) est la plus ancienne église de Berlin. Le quartier autour de l'église est connu sous le nom de "quartier de Nicolas" et est une zone de bâtiments médiévaux restaurés. L'église a été construite entre 1220 et 1230, et est donc, avec l'église Notre-Dame sur l'Alexanderplatz, non loin de là, la plus ancienne église de Berlin.
À l'origine église catholique romaine, l'église Saint-Nicolas est devenue une église luthérienne après la Réforme protestante dans l'Électorat de Brandebourg en 1539. Au XVIIe siècle, l'éminent auteur d'hymnes Paul Gerhardt était le pasteur de cette église, et le compositeur Johann Crueger en était le directeur musical. L'éminent théologien luthérien, le prévôt Philipp Jacob Spener, a été le pasteur de 1691 à 1705. De 1913 à 1923, le pasteur de l'église Saint-Nicolas était Wilhelm Wessel, dont le fils Horst Wessel est devenu plus tard célèbre en tant que nazi : la famille vivait dans la Jüdenstraße voisine.
Le jour de la Réformation en 1938, le bâtiment de l'église a servi sa congrégation pour la dernière fois. Ensuite, le bâtiment, la plus ancienne structure de Berlin proprement dite, a été cédé au gouvernement, pour être utilisé comme salle de concert et musée ecclésiastique. Le nombre de paroissiens avait diminué en raison de la commercialisation toujours plus intense du centre-ville, les habitations étant remplacées par des bureaux et des magasins. La congrégation a ensuite fusionné avec celle de l'église Notre-Dame.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, l'église Saint-Nicolas a perdu par le feu le sommet de ses tours et le toit à la suite des bombardements alliés. En 1949, toutes les voûtes et les piliers nord se sont effondrés. Les ruines se trouvaient à Berlin-Est, et ce n'est qu'en 1981 que les autorités de la République démocratique d'Allemagne de l'Est ont autorisé la reconstruction de l'église, en utilisant les anciens dessins et plans. L'église Saint-Nicolas telle qu'on la voit aujourd'hui est en grande partie une reconstruction. Aujourd'hui, l'église sert à nouveau principalement de musée et occasionnellement de salle de concert, administrée par la Stiftung Stadtmuseum Berlin (Landesmuseum für Kultur und Geschichte Berlins). Elle est réputée pour son acoustique et l'église reconstruite a été équipée d'un bel ensemble de 41 cloches.
